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序列比对（Sequence Alignment）是生物信息学的核心基础操作之一。无论是基因功能注释、变异检测，还是系统发育分析，序列比对都是不可或缺的第一步。随着高通量测序技术的飞速发展，序列比对软件也经历了从简单到复杂、从单机到分布式计算的演进。本文将全面解析序列比对的基本原理、主流工具及其在实际科研中的应用场景，帮助研究者快速选择最适合自己需求的序列比对软件。 一、序列比对的基本原理 序列比对