Tophat

主要的比对工具如下,他们各有自己的特点,本节主要讲tophat2.•Tophat:可以实现断点比对(splicing-aware aligner),用来比对基因组。主要是通过控制内含子长度来实现,默认为50-500000.允许0,1,2错配。输出bam文件。可做转录组数据比对。•Bowtie2:连续比对,允许0,1错配。输出sam文件。不适合转录组原始数据比对,一般做基因组数据比对。•Bwa:连续