今天为大家解读的是一篇九月份刚刚发表的文章，该文章旨在基于已发表的数据识别出一种新的gene signature，以提高对肌层浸润性膀胱癌(MIBC)患者生存的预测。

 

膀胱癌是第四大最常见的癌症，在所有男性恶性肿瘤中的发病率为7%，是男性死亡的第八大常见原因。美国癌症联合委员会(AJCC)的TNM分期系统是使用最广泛的预测根治性膀胱切除术患者预后的模型，但是该模型难以整合新的临床信息。此外，目前的分期系统已被证明比某些预测模型更不准确。因此，本文通过整合所有已发表的基因与TCGA 中的RNAseq，识别出一个新的12-gene signature，并通过qRT-PCR验证了有效性。筛选已发表的研究  作者在EMBASE和Medline数据库搜索了从开始到2017年12月发表的文章，系统地筛选出了预测MIBC总生存期(OS)的基因特征研究，流程如所示。最终，筛选出8个相关研究，包含274个基因(作为候选基因集)。

患者群体  研究中用到的数据集有三个：个是从TCGA下载的膀胱尿路上皮癌Level 3的RNAseq数据，筛选临床信息后，包含了327名患者的转录谱；第二个是复旦大学上海癌症中心(FUSCC)验证集，由172例膀胱尿路上皮癌患者组成，这些患者都得到了组织学证实，并在没有任何预处理的情况下接受了根治性膀胱切除术；第三个是从GEO下载的外部验证集GSE13507，包括61例患者。基于TCGA数据筛选基因  作者用单因素Cox回归法确定了274个基因的预后价值，有70个基因表现出了显著性(P <0.05)；然后，作者又用多变量Cox回归的简化模型识别出了12个与OS独立相关的基因：ATIC, C6orf62, CPA4, CYFIP2, EGFR, EHBP1, GRK3,MARCH7,QPRT, SARDH, SUZ12, and YIF1A。12-gene signature的验证  作者先用qRT-PCR验证了12个基因在FUSCC群体中与预后的相关性，所有基因在单变量模型中都具有显著性(p<0.05)；在多变量Cox回归模型中，只有EHBP1和SARDH可作为独立的预后因子()。在外部验证集GSE13507中，同样地，所有12个基因在单变量分析中均显著，C6orf62和ATIC在多变量模型中具有显著性。

 为了进一步评估12-gene signature的预后能力，作者将该模型与包括性别、年龄、肿瘤分级等在内的临床模型进行了比较，使用R包”rms”计算了多元Cox回归模型的C-index值。在TCGA和FUSCC中，12-gene signature比临床模型更准确(C-index值更高)；然后，研究将所有的临床和基因参数整合到一个多变量Cox回归模型，在三个群体中，C-index值均有所提高(结果如所示)。

 作者又分别用12-gene signature、临床指标以及整合基因和临床指标来预测5年生存期，其ROC曲线如所示(三种模型分别对应绿色、红色和蓝色)。A、B、C分别对应TCGA、FUSCC和GEO数据集，可以发现，基因-临床病理组合具有较高的临床应用价值。 

 这篇文章通过应用已发表的基因特征和TCGA数据，成功地构建并外部验证了一种新的与MIBC生存相关的12-gene signature，改善了对疾病进展以及生存的预测。整个研究流程比较简单，所用策略也是生物信息中常见的，具有一定的可借鉴性。今天的一句话是：If you think you can, you can. And if you think you can’t, you’re right.