昨天为大家介绍了肿瘤相关成纤维细胞（CAF），相信大家对CAF的背景和研究进展及潜力有了一定的了解。不过综述归综述，离直接上手的分析或者引入自己的课题还是有一定的距离的。今天小编结合27分的纯生信文章，为大家介绍CAF研究应该如何入手；除此之外，小编还吐血整理了目前所有的纯生信为切入点的研究思路。

肿瘤相关成纤维细胞思路

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Molecular cancer纯生信CAF

Cancer-associated fibroblast-derived gene signatures determine prognosis in colon cancer patients

越来越多的证据表明，基质特异性特征能够用于结肠癌的风险评估。结肠癌间充质亚型相关基因主要由CAF和其他基质细胞表达，而非肿瘤细胞表达。因此，作者在结肠癌患者中定义了CAF衍生的基因signature，并探索其预后价值。

数据来自于先前的研究，包括CAF和配对NF的芯片数据，以及CAF和配对NF的外泌体非编码RNA数据。GEO数据库7套整合的结直肠癌数据。

结果

首先分别定义CAF相关signature以及CAF衍生的外泌体signature，分别探索两个signature预后价值。此外，为了评估两者的overlap，组合top50特征基因进行生存分析。

在晚期肿瘤和CMS4肿瘤中，CAF相关signature预后效能明显提升

临床决策通常是基于组织学和临床参数，然而这些参数并不能准确预测组织学上相同的肿瘤。结肠癌的复发风险是正确制定治疗指南的关键因素，这凸显了研究预后和预测性标志物的重要性。该研究强调了对CAF生物标志物的持续研究，以促进预后和化疗反应的异质性，并通过根据结肠癌的特定生物学特征量身定制治疗来提高患者的生存期。

CAF纯生信思路汇总

当然，除了molecular cancer的这篇文章，研究CAF还有很多很多的切入点。小编为大家汇总了目前所有的生信角度研究CAF的思路。

1.共表达思想

其核心思想是基于共表达网络筛选CAF模块，后续可以利用关键基因构建模型，当然也可以仅仅对关键基因进行功能研究和验证

2.scRNA-seq联合bulk RNA-seq

这种方式的核心思想利用scRNA-seq提取CAF关键基因，回到bulk RNA-seq进行后续刻画

3.CAF相关cytokine

此思路没有聚焦CAF本身，而是关注CAF衍生的细胞因子

4.CAF比例估算与分组

这种思路的核心在于使用一种或者多种计算方法评估患者CAF比例，期望区分不同的CAF亚型

5.gene set based signature

这种思路相信大家非常熟悉，基于CAF的基因集，使用非常传统的方式构建signature

6.meta-analysis

META分析不用多说，又快又好用

总结

Molecular cancer的这篇属于LETTER，可能会有人觉得含金量不太够。但是，这篇LETTER至少为我们强调了CAF研究的前景。如果对CAF感兴趣，小编后边整理的六种思路，非常适合用来先练练手，5分左右还是非常容易的。最后，除了本文介绍的CAF相关研究，CAF衍生外泌体、ceRNA、单基因纯实验分析CAF等等，都是研究CAF可以选择的点。CAF纯生信10+的original article已经在路上了，欢迎大家关注后续的分享。

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