mysql简介

MySQL是一个关系型数据库管理系统，由瑞典MySQL AB公司开发，目前属于Oracle公司。MySQL是一种关联数据库管理系统，关联数据库将数据保存在不同的表中，而不是将所有数据放在一个大仓库内，这样就增加了速度并提高了灵活性。MySQL的SQL语言是用于访问数据库的最常用标准化语言。MySQL软件采用了双授权政策(本词条“授权政策”)，它分为社区版和商业版，由于其体积小、速度快、总体拥有成本低，尤其是开放源码这一特点，一般中小型网站的开发都选择MySQL作为网站数据库。由于其社区版的性能卓越，搭配PHP和Apache可组成良好的开发环境。

Mysql数据库的特点在于：

运行速度快,支持多平台,支持各种开发语言,提供多种存储器引擎,功能强大,支持大型数据库，最大容量可以达到64TB，安全，价格低廉。

在生物信息学中的应用

鉴于上面所说的mysql的特点，主要是运行速度快的特点，它在生物信息分析中有广泛的应用。

简单举例：经典的基因预测整合软件glean，需要利用mysql数据库对基因预测出来的基因进行整合，同样重复序列分类软件PASTEC也需要利用mysql进行分类，在基因家族分析中orthmcl同样需要mysql数据库。

这仅仅是基因组分析的例子，其他的组学分析中mysql也有一定的应用。

常用命令和注意事项

既然mysql数据库这么重要，那么掌握一些简单的数据库处理命令是非常重要的。Mysql常用的功能是增添删改等，但是这些命令都可以利用外部脚本调用执行，其实对于分析者来说最重要的是如果为那些软件在mysql创建用户和授权。

创建用户:

命令:

CREATE USER 'username'@'host' IDENTIFIED BY 'password';

说明:username – 你将创建的用户名, host – 指定该用户在哪个主机上可以登陆,如果是本地用户可用localhost,  如果想让该用户可以从任意远程主机登陆,可以使用通配符%. password –  该用户的登陆密码,密码可以为空,如果为空则该用户可以不需要密码登 陆服务器.

例子：

CREATE USER 'dog'@'localhost' IDENTIFIED BY '123456'; 

CREATE USER 'pig'@'192.168.1.101_' IDENDIFIED BY '123456'; 

CREATE USER 'pig'@'%' IDENTIFIED BY '123456'; 

CREATE USER 'pig'@'%' IDENTIFIED BY ''; 

CREATE USER 'pig'@'%';

授权：

GRANT privileges ON databasename.tablename TO 'username'@'host'

说明: privileges – 用户的操作权限,如SELECT , INSERT , UPDATE  等(详细列表见该文最后面).如果要授予所 的权限则使用ALL.;databasename –  数据库名,tablename-表名,如果要授予该用户对所有数据库和表的相应操作权限则可用* 表示, 如*.*.

例子:

GRANT SELECT, INSERT ON test.user TO 'pig'@'%'; 

GRANT ALL ON *.* TO 'pig'@'%';  

记得随时更新权限哦

flush privileges;

参考资料：

1、Mysql命令行添加用户

2、百度百科