今天跟大家分享的是十一月份发表在Aging (Albany NY)杂志上的一篇文章，这是一篇关于JAK1基因表达与肿瘤预后以及免疫浸润关系的研究。JAK1 as a prognostic marker and its correlation with immune infiltrates in breast cancer乳腺癌中基因JAK1作为预后标志物并且和免疫浸润相关分析单基因免疫思路，工作室在3月份就推广过有兴趣的可以扫码跟我们联系单基因免疫思路讲解JAK1（janus kinase-1）抑制剂的临床研究目前正在进行。然而JAK1与乳腺癌预后关联的研究仍然欠缺。通过Oncomine和TIMER数据库分析了JAK1的表达水平。发现低JAK1表达与较差的存活率有关。在TCGA数据中，TNM I-II和TNM III-IV患者呈现出高JAK1表达与好的预后相关。且JAK1与乳腺癌患者的肿瘤大小，淋巴结状态和TNM分期呈负相关关系。JAK1表达水平与乳腺癌中CD8+ T细胞，CD4+ T细胞，巨噬细胞，嗜中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平显着正相关。总之，JAK1 mRNA水平与乳腺癌的预后和免疫浸润水平呈现出相关性。结果1. JAK1的表达水平首先利用Oncomine数据库展示JAK1在不同乳腺癌数据集中的基因表达，结果发现JAK1在一个数据集中上调，6个数据集中下调（A）。且JAK1的基因表达在多种癌症中差异下调，例如膀胱癌、胃癌、肺癌等（B）。且在TCGA的BRCA数据集中显著下调（B）。

 .JAK1在泛癌中的表达2. JAK1与乳腺癌预后利用PrognoScan工具评估JAK1与生存之间的联系，八个不同的数据集中(GSE6532-GPL570, GSE9195, GSE12093, GSE11121, GSE9893, GSE1456-GPL96, GSE3494-GPL96, GSE7390)，均发现高表达JAK1的样本有着较好的预后（表1）。

 表1. JAK1表达在不同数据集中与生存的联系在不同的GEO数据集中，KM曲线均显示高表达的JAK1有更好的预后（A-C），且针对于TCGA乳腺癌和不同分期的乳腺癌中，高表达的JAK1样本均预后较好（D-F）。

 . JAK1表达与生存的联系3. JAK1表达与乳腺癌临床病理特征的相关性将JAK1的表达与肿瘤的临床病理特征做相关分析发现，JAK1的表达与肿瘤大小(P = 0.001)，淋巴结状态(P = 0.001)，TNM分期均显著相关(P = 0.001)，而与年龄、激素受体状态均不相关（表2）。

 表2. JAK2与临床病理信息的相关性4. JAK1 mRNA水平与肿瘤浸润淋巴细胞相关LYM（lymphocyte-specific immune recruitment）是和免疫浸润相关的基因，发现JAK1与LYM的表达呈现出正相关性（A）。且若按照TIL（tumor infiltrating lymphocytes）将病人分为三组，发现不同组内的JAK表达水平显著差异（B），低的TIL相对应JAK1的表达相对较低。

 . A)JAK1与LYM表达相关性，B) 三组之间JAK1表达水平5. JAK1表达与6种浸润免疫细胞的相关性分析接着计算JAK1与6种免疫细胞比例的相关性（(B cells, CD4 T cells, CD8+, T cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells），结果发现JAK1的表达与6种免疫细胞均显著正相关（A）。然而对于乳腺癌不同的亚型，例如basal和luminal亚型均是显著的，而HER2+不太显著，可能由于肿瘤纯度原因需要后续验证。

 . JAK1与免疫细胞比例相关性. A) 乳腺癌以及不同亚型 B) basal, C) HER2+ D) luminal中JAK1与免疫浸润的相关性 总结总而言之，该研究为剖析JAK1在肿瘤免疫学中的潜在作用以及与预后关联提供了一定的研究。发现JAK1的表达与乳腺癌的预后和免疫浸润水平相关，且表明JAK1的表达可以作为乳腺癌的预后生物标志物。单基因免疫思路，工作室在3月份就推广过有兴趣的可以扫码跟我们联系单基因免疫思路讲解

欢迎关注

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 |   基因家族  |  Pvalue

基因预测  |bestorf |  sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

 生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos

 舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 |  进化 | 测序简史