昨天跟大家分享了一篇肿瘤多组学分析的文章，可能有的小伙伴并不是研究肿瘤的，那有没有疾病多个组学研究的文章呢？答案是肯定的，为了填补这个空缺，今天为大家介绍一篇疾病多个组学研究的文章。针对疾病公共数据稀少，或者手里样本不多的情况，这篇文章的思路可以作为一种不错的参考。文章基于转录组、DNA甲基化和miRNA综合分析，揭示了DNA甲基化和miRNA的共调控网络，确定了多囊卵巢综合征（PCOS）发病机制关键候选基因，为其诊断和治疗提供了有价值的参考。

文章五月份在线发表在Frontiers in Cell and Developmental Biology（IF: 6.684）。

Characterization of DNA Methylation and Screening of Epigenetic Markers in Polycystic Ovary Syndrome

多囊卵巢综合征DNA甲基化刻画与表观遗传marker筛选

摘要：

多囊卵巢综合征 (PCOS) 是一种女性内分泌和代谢异质性疾病，其特征是雄激素过多、排卵功能障碍和多囊卵巢。尽管 PCOS 的病因在很大程度上是未知的，但许多研究表明异常的 DNA 甲基化是其病理变化的重要促成因素。在这项研究中，我们研究了 DNA 甲基化特征及其对 PCOS 患者颗粒细胞中基因表达的影响。转录组分析发现差异表达基因主要富集在PCOS胰岛素抵抗、脂肪细胞分化和类固醇代谢通路中。PCOS 中颗粒细胞的总体 DNA 甲基化水平降低，并且发现个内含子是 PCOS 中低甲基化的主要基因组区域。对卵巢颗粒细胞中转录组、DNA 甲基化和 miRNA 的综合分析揭示了 DNA 甲基化和 miRNA 共调控网络，并确定了 PCOS 发病机制的关键候选基因，包括 BMP4、ETS1 和 IRS1。本研究进一步阐明了PCOS的表观遗传机制，为其诊断和治疗提供了有价值的参考。

材料方法：

GEO RNA-seq，GEO MBD-seq，DEseq2，SMART2，STRING，MCODE，DAVID，TarBase 7.0，Cytoscape

结果：

1.人类PCOS颗粒细胞（GC）转录谱分析识别差异表达基因与功能分析

2.人类PCOS GC甲基化谱分析识别差异甲基化区域（DMR）与功能分析

3.PCOS DNA甲基化与转录组综合分析识别DNA低甲基化调控基因，基因共表达网络分析识别候选基因

4.人类PCOS GCmiRNA谱分析识别差异miRNA，识别受下调miRNA和低甲基化共调控基因，刻画调控机制

总结：

文章结合转录组，甲基化数据，联合miRNA综合分析，识别了受甲基化和miRNA共同调控的候选基因，并刻画了PCOS的表观调控机制。可以发现的是，文章所使用的样本都在5对以内，并且是公共数据。其中基因表达RNA-seq与其他数据不是同一队列，甲基化数据和miRNA表达来自同一队列。如果基于公共数据分析，并且添加进一步的实验验证，或者基于自己的数据进行分析，相信文章还可以上一个档次。