病毒与肿瘤分析思路

admin 81 2025-01-11 09:44:43 编辑

小编今天为大家解读的是一篇与EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤有关的文章。弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是一种具有明显异质性、形态特征、分子亚型、免疫表型、临床表现及预后的侵袭性非霍奇金淋巴瘤。EBV+ DLBCL则是一种罕见的新亚型,主要发生在50岁以上的人群中,其临床侵袭性高,药物反应和预后情况都比较差。

本文主要通过二代测序识别在EBV+ DLBCL和EBV-negative DLBCL样本中存在的遗传变异,然后利用荧光原位杂交(FISH)进行细胞遗传学研究,运用免疫组织化学(IHC)检测了一些重要基因,并将其表达与DLBCL患者的临床病理学特征进行关联,为理解EBV+DLBCL的发病机制和挖掘潜在的预后以及治疗因子提供帮助。数据 236例DLBCL患者数据来自中南大学湘雅医院,对所有样本都使用了原位杂交法检测EBV编码的mRNA(EBER),有22个患者样本的80%以上肿瘤细胞中检出了EBV感染;然后只选择近两年固定石蜡包埋(FFPE)的样本进行下一代测序(NGS),其中包含10个筛选过的EBER-positive样本(有50%以上肿瘤细胞和<10%坏死组织的完整标本)和随机选择的30个EBV-negative样本;样本的临床信息也得到了采集。结果  BV+DLBCL的突变分析  本文对9个EBV+ DLBCL和6个EBV-negative DLBCL样本进行了靶向测序,平均深度>1000。在EBV+ DLBCL样本中,共检测到48个突变和22个不同的基因突变,包括MYC、RHOA、PIM1、MEF2B、MYD88和CD79B等,EBV-negative DLBCL样本中的突变基因有KMT2D、CREBBP、PIM1、TNFAIP3和BCL2等,MYC和 KMT2D是两类样本中差异最显著的突变基因。在根据样本的年龄差异、ABC/GCB、分期以及解剖部位进行的基因分析结果中,作者发现RHOA和MYC主要在有淋巴结浸润的EBV+DLBCL患者中发生突变(.A);EBV+ DLBCL样本中的基因突变可分为五种类型(.C),大部分为错意突变;在突变基因的富集结果中,凋亡/细胞周期信号转导途径、NF-κB信号通路和B细胞受体信号通路的突变率较高(.D)。此外,对突变基因的Kaplan-Meier生存分析表明,淋巴瘤中含有RHOA突变的患者表现出良好的PFS和OS。

MYC, BCL6和BCL 2的荧光原位杂交   在进行FISH分析后,20例EBV+ DLBCL患者中有一例检测到C-MYC阳性断裂,有2例C-MYC重组,未发现BCL2的分离重组。26例EBV-negative患者中,检测到5例C-MYC的阳性断裂信号和2例基因扩增;有7例发生了影响BCL6位点的染色体断裂事件,以及3例拷贝数增加;此外,只在2例患者中检测到BCL2分离事件。只有1例样本同时检测到C-MYC和BCL6重组。KMT2D和MYC的表达   作者对22例EBV+DLBCL和30例EBV-negative DLBCL患者进行了KMT2D和MYC免疫组化检测,KMT2D在细胞核和细胞质中均有表达,MYC则主要在细胞核中表达。在两类样本中,MYC的高表达是显著差异的,而KMT2D无明显差异。接下来,本文又研究了两个基因的表达同患者临床病理特征之间的关系,在EBV+DLBCL患者中,KMT2D的表达与Ann Arbor分期和IPI评分有关(p<0.05);MYC的表达与IPI评分有关。在EBV-negative DLBCL组,KMT2D高表达的患者具有较高的IPI评分,而MYC过表达也与晚期的Ann Arbor分期有关。Kaplan-Meier生存分析结果表明,EBV+ DLBCL患者的总生存期(OS)中值为23个月,相较于其他因素,年龄和IPI得分对OS有显著的预测作用,而KMT2D和MYC的高表达都预示着较差的预后;在EBV-negative DLBCL组,OS中值为29个月,只有IPI得分和KMT2D表达与OS显著相关。总的来说,本文识别出了EBV+ DLBCL和EBV-negative DLBCL间存在的差异分子特征:EBV+ DLBCL样本中的凋亡和NF-κB信号通路以及MYC和RHOA基因的突变率较高;FISH结果显示,在EBV+ DLBCL样本中,C-MYC, BCL6和BCL2的重组率较低;在EBV阳性和阴性中,KMT2D的高表达都与生存低下有关;此外,MYC在EBV+DLBCL群体中高表达,且影响预后。最后,一句话送给大家:The distance between insanity and genius is measured only by success. 

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