今天跟大家分享的是发表在Diagnostics（IF: 3.11）上的一篇文章，主要是基于铁死亡相关特征基因构建葡萄膜黑色素瘤（UM）患者的预后模型。与去年七月推出的铁死亡最简单预后思路相似，7个月的周期，还有其它铁死亡思路，见副推，心动扫码联系。提供专业、可复现铁死亡生信分析感兴趣扫码预定思路

A Novel Ferroptosis-Associated Gene Signature to Predict Prognosis in Patients with Uveal Melanoma基于铁死亡相关基因构建葡萄膜黑色素瘤患者的预后模型本文思路简单清晰，首先基于单因素cox分析识别出与TCGA中UM患者预后相关的铁死亡基因，接着通过LASSO Cox回归模型构建铁死亡相关基因的预后特征，进而在独立数据集中进行验证。最后还对铁死亡相关基因风险评分与UM常见拷贝数改变，自噬和免疫浸润之间关联进行分析（）。

.流程.数据（1）训练数据：TCGA中UM患者的mRNA表达数据，拷贝数改变数据和生存数据。（2）验证数据：GSE22138中UM患者的mRNA表达数据，拷贝数改变数据和生存数据。（3）铁死亡相关基因：来自于GeneCards的103个铁死亡相关基因。2.构建铁死亡相关基因预后特征模型首先基于单因素cox回归分析识别出22个表达与预后相关的自噬基因，接着通过lasso cox回归分析构建出由7个自噬基因组成的预后风险打分模型（）。

. 铁死亡相关基因预后特征模型的构建在训练数据和验证数据中的7特征基因风险评分、生存状态和基因表达分布如所示。AIFM2、ITGA6、HMOX1、STEAP3在高风险组中高表达，MAP1LC3C、CD44、ALOX12在高风险组中低表达。另外，与风险评分较低患者相比，危险分数较高的样本更有可能发生死亡，疾病进展和转移等不利于患者生存的事件。

. 7特征基因风险评分与生存状态和基因表达分布除生存状态外，7特征基因风险评分还与患者预后息息相关。不论是在训练数据，还是在验证数据中，低风险组患者预后均明显优于高风险组（）。

. 7特征基因风险评分与患者预后紧密相关进一步基于ROC曲线来评估7基因特征模型的预测性能。与其他临床特征相比，7基因特征模型在预测训练数据的总生存时间和无进展生存时间，以及预测验证数据的无转移生存时间中均有最高的预测效能（）。

.7特征基因模型的预测效能3. 7基因特征风险得分与UM常见拷贝数改变的相关性分析基于Pearson相关分析识别与7基因特征风险评分相关的拷贝数改变事件，在训练数据中风险评分与染色体8 q拷贝数改变呈正相关，与染色体6p呈负相关。不管是在训练数据还是在验证数据中，风险评分与染色体3拷贝数改变均呈负相关（）。

.风险评分与拷贝数改变4.7基因特征风险得分与自噬的相关性分析在490个自噬相关基因中，与风险评分显著相关的基因有256个(52.24%)，其中正相关的有197个，负相关的有59个。与风险评分呈正相关的前10位自噬相关基因包括HTR2B、LAMTOR2、BAX、HMOX1、FKBP1A、SPHK1、DAP、ITGA6、BNIP1、ATP6V0B，负相关前10位的包括MTMR14、PRKCD、RAF1、ST13、PIK3R4、GATA4、DLC1、RAB7A、TOMM7、SNCA（）。

.风险评分与自噬基因表达5.富集分析对高风险组样本和低风险组样本进行GSEA富集分析，在高风险组中富集的基因主要参与IL- 6/JAK/STAT3信号通路、notch信号通路等（）。

.高低风险组的GSEA富集分析6.7基因特征风险得分与肿瘤细胞免疫浸润（TICs）为更好研究特征风险得分与免疫微环境的相互作用，研究者基于CIBERSORT算法对患者的22种免疫细胞浸润比例进行评估。在TCGA数据中22个TICs的相对含量分布及22个TICs之间的相关性如所示。

.训练数据中的肿瘤细胞免疫浸润多种肿瘤细胞免疫浸润含量在高低风险组间存在显著差异（0A）或者浸润含量与风险评分存在相关性（0B）。其中7种免疫细胞不仅在高低风险组中存在差异，又与风险评分高度相关（0C），其中包括CD8 T细胞，M1巨噬细胞等。

0. 7基因特征风险得分与肿瘤细胞免疫浸润研究者还通过绘制不同免疫浸润细胞含量下患者生存曲线和单因素cox回归分析，进一步探究免疫细胞浸润与生存时间的关系（1）。激活肥大细胞等多种免疫细胞浸润含量较低时预后较好，静息肥大细胞浸润含量较低则与预后较差有关。静息肥大细胞状态不仅与风险评分显著相关，还对UM有预后价值。因此，研究者推测肥大细胞的显著浸润可能在UM的7特征基因预后模型中发挥重要作用。

1.22种肿瘤免疫细胞浸润含量与预后铁死亡的研究热度居高不下，文章一篇接着一篇，思路一个接着一个。本篇文章就又是一个被预测成真的铁死亡好思路，不知道大家看了有没有一点心动呢？心动不如行动，也想要在铁死亡相关领域有所建树的朋友们还不速速行动，抓住研究热点，优秀的工作还会远吗？提供专业、可复现铁死亡生信分析感兴趣扫码预定思路