基因组研究其实是一个物种研究的开始，相对来说非常重要。但是其研究内容并不是没有规律可循的。

一般一个新的基因组想常常会涉及如下几部分分析：组装、基因组特征、注释效果、功能基因和通路研究、进化分析、比较基因组学分析、全基因组复制事件（植物）、物种起源、驯化、群体遗传等。

其中小编认为比较重要的有如下：组装和基因组特征、功能基因相关、进化相关和群体遗传等。

1、组装和基因组特征

组装出一个高质量的基因组，也是很出彩的，当然这里经常会跟同源的其他物种，或者上一版基因组结果进行比较。如果某个物种进化地位比较特殊， 或者其组装难度较大（多倍体、高杂合等），这里如果你能得到一个高质量的基因组，而且在基因组特征方面有所研究，加强对基因组的认识，这一部分还是比较有营养的。

比如桃基因组，大小为260Mb，其基因个数3w多，说明该基因组属于紧凑型基因组。

2、功能基因组相关

国内有很牛的学校就是做功能的，这里涉及的东西很多，主要就是研究基因和功能之间的关系，可以用到的方法，如转录组，差异基因表达（有病和无病），这样可以筛选出一组基因集。然后对筛选出的基因进行功能验证。但是经常通过一种手段，得到的基因集过多，准确性也不够，因此，我们往往采用多种方法，共同筛选。

1、比较基因组学、选择压力分析、家族收缩和扩张分析等，进行筛选。

2、转录组差异表达基因组筛选

3、设计群体，做选择清楚分析

QTL、GWAS等其他手段，总之这里筛选出来的就是基因，主要就是研究功能。

3、进化相关

如果该物种具有特殊的进化地位，那么这里和其他的同源物种之间构建进化树、计算进化时间是非常有用的。如果该物种为植物，我们通常会研究其全基因组复制事件：和同源比对，研究其古倍化、自身比对，研究其近倍化。

还可以研究LTR插入时间（物种经历灾难时，物种倾向于加倍，或者转座）。如果涉及到群体，可以计算FST等值，研究群体进化，也可以对群体进行聚类，研究其起源问题，这里主要是要看材料的选择。

大概就是这些分析，主要是根据你所关心的问题采用相关的方法，你get到了吗？

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