生物学里面归根结底，研究的都是基因呀，那么拿到一端DNA序列，怎么预测出基因的位置，找到想要的CDS，intron，UTR呢？小编就带领小伙伴们来认识下AUGUSTUS。

1、网址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

2、用法。

1）Email：这里主要填写自己邮箱，结果运行完毕会自动发送到您的邮箱。

2）AUGUSTUS species parameters *。这里主要填写你所采用什么物种的的基因预测模型。下拉菜单里面有一部分物种，没有的话选择近缘物种或模式物种。如我预测玉米的基因，选择玉米。

3)Genome file *  (max. 250000 scaffolds) :这里就是你的DNA序列了，最大允许100M或者250000条序列。可以点击上传自己的序列

4）cDNA file   Non-commercial users only。如果有cDNA序列可以提供，预测会更加准确

      5）其他参数

UTR prediction  是否预测UTR，可以勾选

 predict UTRs (requires species-specific UTR parameters)

是否对双链都进行预测，默认即可Report genes on

 both strands      forward strand only      reverse strand only

是否预测可变剪接。可以选择可变剪接的数目程序。Alternative transcripts:

 none      few      medium      many

该段DNA序列期望预测的基因数目Allowed gene structure:  

 predict any number of (possibly partial) genes：预测任意数目的基因 only predict complete genes：预测基因结构完整基因

 only predict complete genes - at least one预测基因结构完整基因，且至少有一个

 predict exactly one gene：仅预测一个基因，不管完整与否

 ignore conflicts with other strand忽略两条链之间的矛盾