Identification of potential core genes in triple negative breast cancer using bioinformatics analysis

这是一篇今年2月份发在OncoTargets and Therapy上的文章，寻找

三阴性乳腺癌核心基因的文章，这个分析套路，如果再加点东西，远远不止3分。

我们先看这篇文章的分析部分。

1、数据下载

从GEO数据库中下载了三套数据（GSE38959、GSE45827、GSE65194）

2、筛选差异

然后利用GEO2R工具 通过 TNBC（triple negative breast cancer）和正常组织直接比较，筛选差异基因。（在线工具）

3、功能和通路富集

对于得到的基因集进行了GO功能和KEGG通路富集分析。（在线工具）

4、构建PPI网络和hub基因识别

然后利用STRING和cytoscape软件进行网络的构建和hub gene的识别。（在线和本地工具）

5、hub gene进行生存分析

利用Kaplan-Meier plotter 在线工具对得到的hub gene 进行生存分析。（在线工具）

作为一般文章来说，这个水平就够了，但是这个找核心基因的套路，其实不应该终结于此，更应该多做些其他的联合分析。（了解更多，请留言）

文章中一共有三图、三表

Table1

fig1 Venn图

Table2 富集

fig2 网络图

Table3 网络hub节点

fig3 生存分析

不多说，上次AS的套路推广，30席，过于火热，这次我们就不公开套路了，就放一点合适的图片，大家刚兴趣的留言咨询。

比如可以增加的分析和图

提 供 生 信 问 题 解 决 方 案 服 务

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 |   基因家族  |  Pvalue

基因预测  |bestorf |  sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

 生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos

 舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 |  进化 | 测序简史