1.安装java环境

2.安装Cytoscape2.8.3

3.打开Cytoscape软件，根据菜单导入*.CytoscapeInput.txt

File ----> Import ----> Import network from table(Text/MS Excel)

会弹出导入文件的对话框，在对话框中设置如下：

(1)Input file：选择文件路径

(2)Source Interaction:Column 1

(3)Target Interaction:Column 3

(4)Interaction Type: Column 5

(5)单击Import

4.调整网络

打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下（大家最好是统一的）：

①点击自动调整网络形状。

②Plugins ----> Network Analysis ----> Analyze Network,弹出如下窗口：

③如图所选，Treat the network as undirected ---> OK,弹出如下窗口：

④如上图，点击Visualize Parameters，弹出如下图：

(1)Map node size to:Degree

(2)Map node color to:Clustering Coefficient

(3)Map edge size to:EdgeBetweenness

(4)Map edge color to: EdgeBetweenness

最终生成的网络图：

⑤文件导出点击相机的按钮，选择输出格式为pdf

三、结果说明（readme.txt）

*.txt：列和第三列为基因id,其他列是在STRING数据库中找出这些差异基因间的互作数据。

*.pdf：可视化文件--互作网络中节点(node)的大小与此节点的度(degree)成正比，即与此节点相连的边越多，它的度越大，节点也就越大。节点的颜色与此节点的聚集系数(clustering coefficient)相关，颜色梯度由绿到红对应聚集系数的值由低到高；聚集系数表示此节点的邻接点之间的连通性好坏，聚集系数值越高表示此节点的邻接点之间的连通性越好。边(edge)的宽度表示此边连接的两个节点间的互相作用的关系强弱，互相作用的关系越强，边越宽。

没有的组合代表没有互作关系。