十二生肖文章解读-丑牛

admin 36 2025-01-12 编辑

 横眉冷对千夫指,俯首甘为孺子牛

一、前言

小编今天跟大家分享一篇牛的基因组文章,这篇文章科学问题研究的不是很多,研究的点较为普通,可以重点的跟大家说下基因组分析的技术方法。文章名字:The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution

文章发表在09年的science上。

二、文章内容简介

大家都清楚牛是典型的反刍的动物,为了清楚的理解其生物行为和进化,对牛进行了测序。

牛基因组大概包含最少22000个基因,其中和其他7个哺乳动物共有的直系同源基因大约有14345个基因,属于这一类的动物的基因是1217个(就是在marsupial or monotreme中检测不到的)。在牛的基因组上发现在染色体断裂的地方有很多的片段重复、富集更多的重复元件和物种特异性的片段变异,这些变异更多的跟乳汁分泌和免疫相关。参与代谢的基因大多都高度保守,尽管有5个参与代谢的基因并没有在人的基因组内找到同源,或者差异较大。牛基因组的组装对于理解哺乳动物的进化,加速增加牛产奶和肉量的育种具有重要意义。

二、基因组常规的套路

基因组研究其实是一个物种研究的开始,相对来说非常重要。但是其研究内容并不是没有规律可循的。

一般一个新的基因组常常会涉及如下几部分分析:组装、基因组特征、注释效果、功能基因和通路研究、进化分析、比较基因组学分析、全基因组复制事件(植物)、物种起源、驯化、群体遗传等。

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组装和基因组特征

组装出一个高质量的基因组,也是很出彩的,当然这里经常会跟同源的其他物种,或者上一版基因组结果进行比较。如果某个物种进化地位比较特殊, 或者其组装难度较大(多倍体、高杂合等),这里如果你能得到一个高质量的基因组,而且在基因组特征方面有所研究,加强对基因组的认识,这一部分还是比较有营养的。

 

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功能基因组相关

国内有很牛的学校就是做功能的,这里涉及的东西很多,主要就是研究基因和功能之间的关系,可以用到的方法,如转录组,差异基因表达(有病和无病),这样可以筛选出一组基因集。然后对筛选出的基因进行功能验证。但是经常通过一种手段,得到的基因集过多,准确性也不够,因此,我们往往采用多种方法,共同筛选。

1、比较基因组学、选择压力分析、家族收缩和扩张分析等,进行筛选。

2、转录组差异表达基因组筛选

3、设计群体,做选择清楚分析

QTL、GWAS等其他手段,总之这里筛选出来的就是基因,主要就是研究功能。

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进化相关

如果该物种具有特殊的进化地位,那么这里和其他的同源物种之间构建进化树、计算进化时间是非常有用的。如果该物种为植物,我们通常会研究其全基因组复制事件:和同源比对,研究其古倍化、自身比对,研究其近倍化。

还可以研究LTR插入时间(物种经历灾难时,物种倾向于加倍,或者转座)。如果涉及到群体,可以计算FST等值,研究群体进化,也可以对群体进行聚类,研究其起源问题,这里主要是要看材料的选择。

 


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