编码区(Coding Sequence，CDS) ：mRNA分子中能翻译成多肽的那部分序列。

正反向两条链就有6种读码框架。

ORF 开放阅读框（Open reading frame, ORF）：基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不被终止子打断。

下列几种特性可用来检测潜在的ORF：

1.ORF长度：很难随机发现很长的读码框，因而长的读码框很可能意味着存在ORF 。

2.Kozak序列：具有起始功能的AUG附近的一段特殊序列。

3.密码子偏好性（codon usage bias）

编码同一种氨基酸的密码子称为同义密码子。

某一物种或某一基因通常倾向于使用一种或几种特定的同义密码子，此现象被称为密码子偏好性。

ORF 预测的常用工具介绍：

ORF finder ，transcoder

ORF finder在线使用步骤介绍：

1登陆网站

在线工具处点击更多

或者输入网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

2.输入序列：

在Enter GI or ACCESSION 后面的框中输入公共序列的gi号或ACCESSION号；或者在or sequence in FASTA format 后面的框中输入完整的序列

3.设置序列范围 在FROM: TO: 后面的框中输入进行ORF查找的序列范围。

4.Genetic codes 可以选择采用何种遗传编码

5.按OrfFind 按钮即可执行

输出结果如下：

深绿色区域就是orf区。

如果你喜欢我的文章，希望你能帮我们转发，谢谢！