大家好，首先感谢关注。目前拥有超级预后，超级可变剪切，突变+表达，表达+突变，DNA甲基化，自噬，ceRNA、经典预后、m6A、可变剪切、肿瘤微环境，免疫浸润，多组学，驱动基因，突变，耐药，CNV肿瘤干细胞等多种经典和新潮分析思路和方案。欢迎有实力者扫码鉴赏

涎腺腺样囊性癌(SACC) 是最常见的恶性唾液腺肿瘤之一，今天小编带领大家分享的肿瘤自噬第四谈是一篇关于SACC的文章。这篇文章的目光聚焦于低氧诱导的自噬对SACC发展的影响。Autophagy-related gene expression regulated by HIF-1ɑ in salivary adenoid cystic carcinoma 涎腺腺样囊性癌中研究由HIF-1α调控的自噬相关基因的表达方法：(1) 差异表达分析(2) 功能富集分析(3) 数据相关性分析(4) 免疫组化以及免疫荧光研究marker基因的表达情况文章的研究表明，自噬在研究数据集、SACC组织以及缺氧细胞系中是上调的，作者认为缺氧诱导的SACC自噬可能在SACC的发生发展中起重要作用。接下来让我们一起来看下文章的主要结果以及内容识别差异表达基因以及富集分析自噬通路在数据集GSE59701中，作者得到癌症组织以及正常组织的基因表达情况，作者进行了差异表达分析，最终识别出了764个上调基因，以及545个下调基因（A）。作者收集了一些自噬相关的基因以及以差异表达基因为背景，进行了功能富集分析，结果发现自噬通路在肿瘤组织中上调（B）。HIF-1ɑ以及自噬相关基因的相关分析在这一部分，作者主要分析了HIF-1ɑ以及自噬相关基因的相关性，作者采用斯皮尔曼相关分析发现有五个自噬相关的基因与HIF-1ɑ显著相关，这五个基因分别为ATG3 ，ATG4A ，ATG5，PIK3R4， MAP1LC3B ，如所示。HIF-1ɑ/ MAP1LC3B的表达及其与临床病理特征的关系 表1表2在中可以看出HIF-1ɑ在80%的SACC样本中表达，并且主要集中在细胞核，而MAP1LC3B在64%的样本中表达，表达在细胞膜，细胞质，细胞核。HIF-1ɑ/MAP1LC3B的表达与临床特征的关系主要展示在表1中。HIF-1ɑ与MAP1LC3B的表达相关性展示在表2中。作者同时研究了肿瘤组织中自噬体的形成，展示在G中。HIF-1ɑ和MAP1LC3B在SACC-LM细胞系中同时表达为了进一步研究缺氧诱导的SACC-LM细胞自噬，作者使用细胞免疫荧光检测来检测HIF-1ɑ和MAP1LC3B在缺氧SACC-LM细胞系的表达，如所示，作者观察到了他们同时表达现象的存在。缺氧SACC-LM细胞系和肿瘤组织中自噬体的形成在这一部分，作者评估了自噬体在细胞系以及肿瘤组织中的形成情况，A,B分别是自噬体的免疫组化图，接下来作者进行了t检验分析正常情况下以及低氧情况下自噬体的数目，研究发现，低氧情况下的自噬体数目显著高于正常情况下，如C所示。到这里，这篇文章的主要内容就介绍完了，可以看出这是一篇干湿结合的研究，不止有生物信息学的研究方法，同时也有实验结果进行支撑。但是研究方法都很基础，无论是差异表达分析还是功能富集，相关性分析的生物信息学方法，还是免疫组化分析等实验验证，我们都可以借鉴。至此，肿瘤自噬专题暂时告一段落了，经过四天的学习相信大家对于肿瘤自噬套路已经有了比较深入的了解。主体思路为引入自噬基因-筛选肿瘤预后相关差异自噬基-因-构建预后自噬模型-模型外部数据集验证。是不是蛮简单的呢，心动不如行动吧！

欢迎关注

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 |   基因家族  |  Pvalue

基因预测  |bestorf |  sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

 生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos

 舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 |  进化 | 测序简史