组学技术在作物进化研究中应用

Genomic approaches for studying crop evolution

Genome Biology 为了蹭中秋节的热度在9月21日发表了一篇review，讲的是测序组学技术在作物进化研究中的应用。

其中主要涉及到了获得一个高质量参考基因组是非常有用的，相应的种质资源样本的收集很有必要，同时也说了一下新的技术，甲基化，基因编辑在作物进化研究中的作用。

人类为了自己和饲养的牲畜获得足够的营养，于是开始进行作物的驯化。

在整个训化过程中，不同的时期驯化的物种不同。不同的物种，其基因组大小和解读的难度也不一样。

测序技术出现之后，人类开始采用测序技术进行作物的起源等进化研究。随着测序成本的降低，研究方式也发生了变化。

之前测序费用较高，往往只会测被驯化的物种，其相近的野生种，只会进行外显子区，或者全基因组的SNP鉴定和比对，现在，基本上都是基于pan-genome的思路，一次测好几个基因组，从基因组大片段的角度上进行作物进化研究。

当然，随着测序技术的发展，尤其是三代测序大片段的出现，光学图谱，Hi-C的出现，是得目前对于超大基因组，超级复杂的基因组，处理起来也能得心应手。

重测序相应的策略的优缺点。目前来，全基因组重测序，其实费用也没有那么昂贵了。

高通量测序技术已经应用在作物研究的方方面面，除此之外，还有一些技术也将会对作物进化研究产生影响。比如表观遗传，基因标记，新物种培育等。

未来，染色体级别的参考基因组组装成为日常，大规模的重测序数据也可以开展，这将对于我们理解作物的驯化历史和物种培育有重要的意义。

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