15分纯生信，晚了就被别人发啦！

很多人觉得生物信息分析是在做数字游戏，得出来的结果没有什么生物学或者临床意义。今天这篇文章以识别用于mRNA疫苗开发的有效抗原为目的，进行了大量生信分析。研究结果的临床意义是否存疑我觉得我没有资格评价，但是纯生信发15分，里边的东西是很值得参考和学习的。文章首先识别了胰腺癌中与不良预后和抗原呈递细胞浸润相关的过表达且突变的基因作为潜在的肿瘤抗原。鉴于mRNA疫苗仅对部分患者有益，作者紧接着识别了胰腺癌免疫亚型用以鉴定具有更高疫苗反应的患者。由于肿瘤的免疫状态是mRNA疫苗功效的决定因素，作者对不同亚型的免疫细胞成分进行了表征。最后，与先前免疫分型研究进行对比，验证了方法的可靠性，以及对先前分型的补充作用。文章整体前后衔接紧密，且处处紧扣临床意义，方法可靠性也非常高，非常值得学习。

文章三月份发表在Molecular Cancer（IF: 15.302）。

Identification of tumor antigens and immune subtypes of pancreatic adenocarcinoma for mRNA vaccine development

鉴定胰腺癌的肿瘤抗原和免疫亚型以开发mRNA疫苗

摘要：

尽管mRNA疫苗已对多种癌症有效，但其抗胰腺癌（PAAD）的功效仍不确定。越来越多的证据表明，免疫分型可以表明肿瘤及其免疫微环境的全面免疫状态，这与治疗反应和疫苗接种潜力密切相关。这项研究的目的是鉴定PAAD中用于mRNA疫苗开发的有效抗原，并进一步区分PAAD的免疫亚型，以构建免疫格局，以选择合适的患者进行疫苗接种。

材料方法：

ICGC，TCGA胰腺癌表达谱和临床信息，GEPIA，cBioPortal，TIMER，DAVID，WGCNA，ssGSEA

结果：

1.识别PAAD的潜在抗原

.识别PAAD的潜在抗原

2.识别与PAAD预后和抗原呈递细胞相关的肿瘤抗原

.识别PAAD预后相关的肿瘤抗原

.识别与APC相关的肿瘤抗原

3.识别PAAD潜在的免疫亚型

.识别PAAD潜在免疫亚型

4.免疫亚型与突变状态关系

.免疫亚型与TMB和突变相关

5.PAAD免疫亚型与免疫调控因子的关联

.免疫亚型与ICPs和ICD调控子相关

6.免疫亚型与肿瘤标志物之间的关联

.免疫亚型与CA199和CA125相关

7.免疫亚型的细胞和分子特征

.免疫亚型细胞和分子特征

8.PAAD免疫landscape

.PAAD免疫landscape

9.PAAD免疫基因共表达模块和hub基因识别

0.识别PAAD免疫基因共表达模块

1.识别PAAD免疫hub基因

总结：

虽说都是识别marker，鉴定亚型，但是能够发在这么高水平的杂志上，文章肯定不一般。而且，这还只是做了纯生信的分析，如果有条件可以补充后续的功能实验，对筛选出的marker进行验证，那么研究的整体意义会更上一层楼，最后发表的杂志水平肯定不会低。当然，需要注意的一点就是，这篇文章每个步骤单独拎出来看都不难。所以，想要学习和参考，讲究的就是一个“快”字。还记得之前的m6A相关的研究，有研究人员对15分的文章进行参考，最后发了10分。这么好的思路，为什么不自己来一把呢？