文章

 Genome sequence of Japanese oak silk moth, Antheraea yamamai: the first draft genome in family Saturniidae （11月27，Gigascience）

日本柞蚕蛾科普

日本柞蚕：又名天蚕，是自然界中一个十分珍稀的物种，在世界范围内天蚕是可以巢制翠绿丝的野蚕，天蚕在光的照射下能闪烁出绿色的光彩，日本天皇、英国女王、法国贵族和一些国家富豪都渴望用天蚕丝在领带、领结上作为装饰，几根天蚕丝便能显示出华贵高雅之气度。天蚕丝是无价之宝，被称之为赛过黄金的绿色软宝石。

文章摘要

本文获得高质量的基因组，大小为656Mb（大于2kb以上的片段），scaffold N50 为739Kb，GC含量为34.7%。重复序列为37.33%，利用BUSCO评估完整度在96.7%。

通过EVM整合从头，同源，转录组的三种基因预测方法得到的基因数目为15481个。

野生silk moth的个基因组草图，对于深入研究大蚕蛾科的分子进化机制有非常重要的意义。

文章中除了测序了一个基因组之外，还附加测了10个不同的部分的转录组（3个重复）

Hemocyte, Malpighian tube, Midgut, Fat Body, Anterior-Middle/Silk gland, Posterior/Silk gland, Head, Integument, Testis, Ovary 

为了降低昆虫的杂合对组装的影响，文章选择测序的是一只male（ZZ），同时还去掉了其肠道。

一共是147Gb的基因组数据和76Gb的转录组数据。

基因组组装和评估

检测测序质量用的FastQC软件，去掉接头利用的是Trimmomatic，评估基因组大小利用的Jellyfish。

然后利用Allpath-LG软件进行组装，sspace软件进行连接，最后利用的三代测序数据进行延长。最终的scaffold N50为739Kb。

重复序列鉴定和比较

重复序列预测之前，首先构建了一个重复序列数据库（RECON、RepeatScout和TRF）。通过分析重复序列存在的比例，发现mariner repeat element, 在这个基因组中富集,这可能对天蚕的独特丝绸的发展起着重要的作用，而特异重复序列可能是其进化的主要动力。

基因预测和注释

利用基于从头预测，同源预测和转录组相结合的三种方式进行预测，然后利用EVM软件进行整合，最后利用pasa软件进行修饰，文章一共获得15481个基因。通过与NR、NT、Swiss-Prot、pfam等数据库进行注释，发现其注释结果准确性较高。Pfam注释中发现，大部分基因集中在分子结合，催化活性，膜内部成分，代谢过程，氧化还原过程与跨膜转运等功能方面。

Comparative genome analysis 

利用orthmcl和RBH共同进行直系同源进行的筛选。

A. aegypti, B. mori, D. plexippus, D. melanogaster, H. melpomene, M. cinxia and P. xylostella 

一共得到1万7千多的基因家族和3586个one copy基因。

在正式进行比较基因组学分析之前，构建了一棵进化树。

在天蚕中快速扩张的15个基因家族，主要集中在进行转座酶、脂肪酸合成酶、锌指蛋白、绒毛（卵壳蛋白）、逆转录酶，前列腺素脱氢酶，RNA指导的DNA聚合酶，Gag蛋白，保幼激素酸甲基转移酶等功能，其可以保护卵免受外界环境影响。

Gigascience

这篇拥有传统基因组分析三板斧的文章发表在Gigascience上。这个杂志目前影响因子6分多。

天蚕基因组文章标准分析发一篇6分的文章，后面的科学问题研究应该是瞄着高分文章去的。这里也就是说基因组文章不再是一锤子买卖，提前公布基因组数据和目前研究的进展，能够避免撞车，还能提供给其他科研人员数据应用，两全其美。

当然如果数据公布在自己的数据库上，那更是锦上添花。

有需要，找哦。

比如鸽子基因组11年公布，发布在Gigascience上，之后13在science上发表。

Gigascience杂志的意思是大数据科学研究的意思。

但是从东北话读来，意思很明确。

Gigascience，这噶能发science 。

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