1、LTR简介

 LTR（long terminal repeat）即长末端重复序列，其长度从100bp到5kb不等。是存在于LTR反转录转座子（LTRs）两侧翼的长末端重复序列。LTR反转录转座子 和非LTR反转录转座子都是真核生物中一类可移动因子，因其转座需经由RNA介导的反转录过程而得名。 

2、LTR作用和意义

LTR反转录转座子一高拷贝在生物界广泛分布（主要是植物，动物中比较少），可以 通过纵向和横向分别在世代之间和不种间进行传递，同一家族的反转录转座子具有高度的异质性。反转录转座子在一些生物和非生物的逆境条件下可以被激活。利用 LTR的特点，基于LTR的分子标记相继发展起来。并且在引物开发、基因作图、生物遗传多样性和系统进化、品种鉴定等方面具有广泛的应用前景。

09年，水稻文章介绍，水稻LTR 插入时间发生在700百万年之前，但是检测其LTR活性，发现还是具有活性的。因此还是可以根据LTR进行构建突变体，以期得到拥有某种性状的个体。

3、LTR预测和插入时间预测方法

LTR又叫长末端重复，顾名思义，其插入的位置比较有特点，就是两端会有几乎同样的重复序列。同时，插入片段的3端精确而稳定，但是5端是高度可变的。

因此可以根据LTR两端的序列的差异，进行LTR插入时间评估。

技术路线

我们用LTR_FINDER软件配合PSSCAN，软件在基因组中寻找分数大于等于6分的LTR序列，同时过滤LTR_FINDER中重复结果。提取LTR两侧侧翼序列，MUSCLE比对，用DistMat软件，并选用Kimura模型计算距离，然后评估时间。

有人肯定要问了，得到插入时间之后，有啥用？

得到插入时间之后，要和历史上的事件进行联系，比如冰川期阿，欧亚板块分离啊，什么非洲起源等等联系，有理有据的描绘一个故事。

更为深入的介绍(LTR和TE方面)

准备了一个加油包

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