大家早上好，今天给大家分享的是Theranostics杂志（IF：11.553，去年 IF：8.57）一篇关于识别乳腺癌同源重组缺陷相关marker并发现其能增强免疫检查位点阻断剂治疗的文章。文章结合多个数据集以及免疫治疗数据集筛选了乳腺癌HRD 相关marker：CXCL10，并分析了CXCL10在免疫治疗中的作用等分析。

肿瘤HRD单基因预定中

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流程图：

数据

TCGA-BRCA：SNP arry、RNA-seq

GEO：E-MTAB-365, GSE19615, GSE21653, GSE2603，GSE31519，GSE118389（TNBC Single-cell RNA-seq），GSE124821（TNBC），Imvigor210（膀胱癌）

结果：

一、HRD亚型分析：

HRDscore亚型划分；

亚型间基因组不稳定性signature差异（子图A-C（TMB、MSI、FGA）；

生存分析（子图D-E（三阴乳腺癌HRD scores > 26 vs HRD scores < 26 预后更好）；方法：K-M）

二、HRD亚型相关信号通路识别及下游靶点筛选：

1）HRDscore亚型差异基因筛选（子图A; 方法：egdeR）；

2）GO、KEGG功能通路富集分析（子图B-C（ytokine-cytokine Receptor、cGAS-STING pathway）; 方法：DAVID）；

3）HRD亚型相关marker识别及多数据集生存分析（子图D-F（趋化因子CXCL10）；方法：Spearman correlation anlysis、K-M）

三、CXCL10与免疫浸润分析

CXCL10与免疫评分、免疫细胞相关性评估（子图A-B；方法：ESTIMATE、Spearman correlation anlysis）；

CXCL10 与抗原相关基因相关性分析（子图C；方法：Spearman correlation anlysis）；

CXCL10 与新抗原负荷相关性分析（子图D；方法：POLYSOLVER（计算新抗原负荷） 、Spearman correlation anlysis）

四、CXCL10与免疫治疗分析

CXCL10与免疫检查位点相关性泛癌分析（子图A-B；方法：Spearman correlation anlysis）；

CXCL10与在免疫治疗过程中表达变化（子图C；方法：Kruskal-Wallis H test）

五、CXCL10做为潜在免疫检查位点分析

1）CXCL10在膀胱癌免疫治疗数据集中的生存分析、治疗效果划分（子图A-C；方法：K-M、Fisher extract test、Kruskal-Wallis H test）；

2）CXCL10表达与TMB、新抗原负荷肿瘤免疫浸润分型分析（子图D-F；方法：POLYSOLVER、Kruskal-Wallis H test）

六、CXCL10与乳腺癌其它临床特征的多因素cox回归分析

总结文章到这就结束了，单基因纯生信能发10+，个人认为是与免疫治疗联系上，这得益于有乳腺癌鼠的免疫治疗的数据集。文章相对来说 研究方法比较简单、紧贴HRD主体该分析的内容也都分析了。感兴趣的小伙伴可以学习下。

参考文献：CXCL10 potentiates immune checkpoint blockade therapy in homologous recombination-deficient tumors

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