胶质瘤患者中免疫相关的lncRNA

今天小编为大家介绍的是一篇研究胶质瘤患者中免疫相关的signature LncRNA的文献[An immune-related lncRNA signature for patients with anaplastic gliomas ],这些文章中研究的免疫相关长非编码RNA（lncRNA）可能是胶质瘤潜在的治疗靶点。当今对于间质性胶质瘤（AG）标准治疗是手术，然后进行放化疗。然而，AG患者的OS并不理想，同时AG患者的预后受到多种因素影响，所以研究与其相关signature是必要的。

文章用到的主要数据：

文章数据主要分为两部分，一部分是训练集，而另一部分是验证集。

训练集：51例来自The Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) 的三级患者的微阵列数据，其中包括572个lncRNA及317个免疫相关基因。

验证集：包括80例及67例三级样本的GSE16011以及 REMBRANDT数据。

介绍完文章用到的数据，接下来让我们看下文章的主要结果

结果1：构建免疫-lncRNA共表达网络

在文章所使用的三个数据集中，一共识别了572个lncRNA，并得到这些lncRNA的表达谱。接下来作者又从Molecular Signatures Database v4.0中提取317个免疫相关的基因。通过构建免疫lncRNA共表达网络（）识别免疫相关的lncRNA，最终识别出了340个lncRNA。

结果2：在AG患者中识别九个免疫相关的signature lncRNA

表1

在CGGA的的训练集中，与预后相关的前九个探针如表1所示。接下来作者对这九个免疫相关的lncRNA进行一个风险打分，将AGs样本根据中位风险得分分为高低风险组，对高低风险组进行生存分析，发现低风险组的生存时间更长（A）。结果在验证集中也得到了证实，此外，低风险组的PFS生存时间也比高风险组更长（B）。

结果3：刻画高低风险组患者的临床及分子特征

作者又评估了9种免疫相关lncrRNA在不同等级的肿瘤内的表达情况。结果表明，PGM5- AS1、ST20-AS1、AGAP2-AS1、MIR155HG随肿瘤分级升高而升高，而SNHG8、LINC00937、TUG1、MAPKAPK5-AS1、HCG18相反（A）。此外PGM5-AS1、ST20-AS1、AGAP2-AS1、MIR155HG在高风险组的表达均高于低风险组，而SNHG8、LINC00937、TUG1、MAPKAPK5-AS1、HCG18相反（B）。也发现高风险组患者的 OS 比低风险组短（AB）。作者还从CGGA微阵列数据库中收集了相关的临床信息。结果显示，高风险组患者表现出染色体臂水平1p和/或19q无缺失，IDH野生型、经典及间质TCGA亚型、G3 CGGA亚型，KPS较低（D）。

结果4：高低风险组表现出不同的免疫状态

作者在这一部分基于高低风险组的免疫基因及整个基因表达谱，使用主成分分析，研究两组的差异（AB）。可以看出高低风险组的分布方向存在差异，并且低风险组的免疫状态与高风险组存在很大差异，进一步说明了在AGs患者中，具有特定lncRNA的免疫状态是重要的signature。作者接下来又采用GSEA进行了功能富集分析，可以看出两组差异基因富集在免疫系统以及免疫应答通路，高低风险组也表现出不同的免疫状态。

文章主要内容介绍到这里，总结一下，文章首先构建了一个免疫lncRNA共表达网络，接下来识别了九个免疫相关的signature lncRNA，这些lncRNA在AGs患者中是具有预后效能的。然后根据风险得分将样本分为高低风险组，对高低风险组进行了详细刻画。

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