小编今天不说废话，直接上干货。

1 htseq-count的输入文件

输入为sam格式的文件，如果是paired-end数据必须按照reads名称排序（sort by name）。官方推荐了msort，不过我用起来感觉不是很方便（也可能是使用方法不当），于是我采用了samtools先对bam文件（tophat2 的输出结果为bam）排序，再转换为sam。

命令：

    samtools sort -n file.bam #sort bam by name

    samtools view -h bamfile.bam>samfile.sam

2 htseq-count的使用和参数

Usage：htseq-count [options] <sam_file> <gff_file>

3 参数说明

-m  计数模型，统计reads的时候对一些比较特殊的reads定义是否计入。包括：默认的union和intersection-strict、 intersection-nonempty具体说明如图所示。

-s reads是否匹配到同一条链上，默认：yes，可以设置no 、 reverse

-t feature type 我理解为最小的计数单位，在gtf或者gff文件中，外显子为最小的定义单位，对基因计数，只需要将包含的外显子计数相加即可。 默认：exon

-i 最终的计数单位，一般为基因。 默认为：gene_id，也可以设置转录本，但由于模型问题，计数效果不佳。

-o 输出所有alignment的reads到一个sam文件中。可以不设置。

-q 退出程序

-h 帮助文件

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