如何低成本且高效的蹭免疫热点

不知道假期当前的你，是否还有心思踏踏实实的搞科研。反正小编的心早就飞到彩云之南了。

但是呢班还得上，活还得干。索性整理了一下免疫相关的思路，希望大家看完之后，彻底掌握如何蹭免疫的热点。

说起这件事情，那真是人背的时候，喝凉水都塞牙。好不容易写了一篇《免疫治疗往事》，结果免疫治疗又出事了，弄得满城风雨，最终殃及池鱼。

今天我们只聊科研。

大家都知道免疫火，做分析的时候如果能蹭上免疫，文章至少提供一个档次，那在具体分析中共有多少种玩法呢，小编给你一一介绍。

第一种，评估新模型免疫治疗效能

这种是目前用的最多，也是最火的思路，包括公众号上推广的TMEscore、m6Ascore以及其他客户要求的高分的文章，我们都会在风险模型构建完毕，去评估下这个模型与已有的免疫治疗评估指标的好坏，这一步非常非常重要，直接提升文章档次。当然如果你有自己的免疫治疗的队列数据就更棒了，没有的话也可以用公开的数据或者TIDE进行预测，这一块我们做的超级成熟，有需要的也可以找我们来评估和分析。

Dongqiang, Zeng, Meiyi, et al. Tumor Microenvironment Characterization in Gastric Cancer Identifies Prognostic and Immunotherapeutically Relevant Gene Signatures.[J]. Cancer Immunology Research, 2019.

第二种，免疫浸润和免疫评分

这个思路出现的时间也不短了，公众号第一次推广做免疫评分是在18年，一个5分的文章，做的是胶质瘤，这个思路陆陆续续的发了很多，我检索3左右的文章，今年还是有发表的。

这个思路是利用免疫评分进行高低分组，这里有一个分析的前提就是一定要有预后上的差异，不过也有的文章没有什么差异。我们在做这一块分析的时候，如果没有差异，会调试其他的分组方法，反正也是基于免疫评分，更新了下计算方法，效果就会好很多。然后就是常规的核心基因的那套思路，看预后，构建模型等等，当然也有文章会看下不同的分组或者分型其细胞浸润的程度，这个属于展示步骤，锦上添花。

Wang H ,  Wu X ,  Chen Y . Stromal-Immune Score-Based Gene Signature: A Prognosis Stratification Tool in Gastric Cancer[J]. Frontiers in Oncology, 2019, 9:1212.

第三种，开发免疫相关的signature gene

这个思路，我们发了CCR。其实这个思路是参考了4左右的文章，他的思路是这样的。首先免疫相关的signature gene 已经有人做过实验给提出来了，好像是基于乳腺癌提出的。但是呢对于其他癌型或者其他的乳腺癌会有更好的更适合的基因，所以开发新的signature gene就很有必要。方法也很简单利用已有的基因进行分组，筛选差异，关联预后等信息，确定新的signature gene ，然后跟已有的进行下比较，重点其实还是关注预后和分组效果。这个思路的好处跟核心基因一致，只要有新的数据集出来，就可以尝试下，万一碰到更好的基因呢。

 Song Q ,  Shang J ,  Yang Z , et al. Identification of an immune signature predicting prognosis risk of patients in lung adenocarcinoma[J]. Journal of Translational Medicine, 2019, 17(1).

第四个，免疫相关的衍生操作

如果别人都在研究免疫相关的基因，你也想凑热闹，但是担心人多。可以多关注下这一部分，可以多关注下免疫相关的lncRNA、miRNA、AS、TF等等，或者也可以加上限定的关键词，比如缺氧，比如铁死亡。确定一个范围之后，其他的操作也都一样。还有一种操作是之前推广的单基因的思路，他把免疫相关的细胞当成了一个个的表型，用WGCNA直接筛选免疫相关的模块，再用PPI去降维。这种操作的一个出发点就是不走寻常路，结果也可能让人惊喜。

Meng Z ,  Zhao H ,  Xu W , et al. Discovery and validation of immune-associated long non-coding RNA biomarkers associated with clinically molecular subtype and prognosis in diffuse large B cell lymphoma[J]. Molecular Cancer, 2017, 16(1):16.

第五种，聚焦某一个免疫细胞

如果你属于那种喜欢死磕到底，不想文章一眼能看到底，可以试试这个思路。

根据自己的课题方向确定一个免疫细胞，围绕这个细胞做深。

其实分析操作还是跟上面的一样，无非就是把这个细胞相关的评分、模型、基因、衍生品做深做透。这样的分析非常容易出大成果，也非常非常容易失败。如果不是真的热爱科研，不建议轻易尝试。

Meng Z ,  Zhao H ,  Xu W , et al. Discovery and validation of immune-associated long non-coding RNA biomarkers associated with clinically molecular subtype and prognosis in diffuse large B cell lymphoma[J]. Molecular Cancer, 2017, 16(1):16.

除此之外，你还见过免疫的那种玩法，也欢迎留言讨论。