大家好呀！今天跟大家分享的是2021年3月发表在EBioMedicine （IF:5.736）上的一篇文章，主要是根据PDAC中m6A调控因子的RNA-seq数据构建m6Ascore模型。研究m6Ascore与总生存期的相关性，比较m6Ascore高组和m6Ascore低组之间的免疫浸润，富集通路，体细胞拷贝数变异和免疫检查点抑制剂的差异。结果表明m6Ascore与PDAC的总生存期较低和肿瘤复发有关，m6Ascore高的患者具有免疫浸润减少和T细胞衰竭，发生KRAS和TP53突变的特点。m6Ascore低的患者对免疫检查点抑制剂（ICIs）的应答更好。An integrated model of N6-methyladenosine regulators to predict tumor aggressiveness and immune evasion in pancreatic cancerN6-甲基化调控因子整合模型预测胰腺癌肿瘤侵袭性和免疫逃逸研究路线：1.数据获取从TCGA，ICGC和GEO数据库下载PDAC，BRCA，COAD和READ的RNA-seq数据和临床特征数据。表1 本研究数据集的基本特征2.构建m6Ascore模型基于20个m6A调控因子的转录组数据构建m6Ascore模型，最终包括6个m6A readers（IGFBP2,IGF2BP3,HNRNPC,YTHDF1,YTHDF2和YTHDC1）和3个m6A writers（VIRMA,METTL3和WTAP）。3.m6Ascore与多种恶性肿瘤的总生存期有关生存分析表明m6Asocre与PDAC，BRCA,COAD和READ的总生存期有关（a-1c）。此外，作者对PDAC的GEO数据集进行生存分析发现m6Ascore与GEO数据集的总生存期有关（d-1f）。

m6Ascore与肿瘤总生存期的相关性4.m6Ascore与PDAC分子亚型的相关性PDAC根据分子亚型可以分为免疫原性亚型，ADEX亚型，胰腺组细胞亚型和鳞状细胞亚型。其中鳞状细胞亚型的预后最差且m6Ascore最高（a），而鳞状细胞亚型的患者m6Asocre最高（b）。生存分析表明，鳞状细胞亚型中m6Ascore较高的患者预后最差（g）。PDAC根据Collisson定义可分为经典型，外分泌型和QM-PDA型。其中QM-PDA亚型的预后最差且m6Ascore高的患者最多（c和2d）。PDAC根据Moffitt定义可分为经典型和Basal-like。其中Basal-like的m6Ascore较高（e和2f）。生存分析表明Basal-like亚型中m6Ascore较高的患者预后最差。

m6Ascore模型和PDAC亚型的相关性5.m6Ascore与肿瘤转移和复发有关ICGC队列的生存分析表明m6Ascore-high组的预后最差（a）。PCA分析可以将m6Asocre-high和m6Ascore-low分开（b）。对9个m6A调控因子绘制聚类热图（c）。作者发现m6Ascore-high组中肿瘤转移的关键调控因子表达水平增加（d），肿瘤复发组的m6Ascore较高。

PDAC患者的生存分析6.m6Ascore的预测预后性能比单独m6A调控因子更好作者对m6Ascore和单独9个m6A绘制ROC曲线，其中m6Ascore的预测6个月的AUC为0.738，大于单独m6A，95%的置信区间见表2。表2 预测6个月生存期ROC曲线的AUCCox回归分析表明m6Ascore的风险比最高（e）。这些结果表明，m6Ascore预测预后的性能更好。单因素和多因素Cox回归分析表明m6Ascore是PDAC独立风险因子（表3）。表3 单因素和多因素分析7.m6Ascore与PDAC中调控恶病质和化学耐药性的基因有关为进一步研究m6Ascore-high组总生存期较短的原因，作者研究PDAC中锌转运体基因，调控恶病质基因和化学耐药基因的表达水平。作者发现ZIP4，MAPK14，HSP70和HSP90在m6Ascore-high组的表达水平更高。此外，作者发现转移相关基因ITGA3，TGB1，CREB1和YAP1在m6Ascore-high组的表达水平更高。这些结果表明m6Ascore-high组可能具有侵袭性更强的特点。8.GSEA富集分析GSEA分析发现m6Ascore-high组细胞循环，KRAS，p53和DNA损伤修复相关基因集表达水平增加（a-4e）。为进一步阐明m6Ascore-high组和m6Ascore-low组细胞过程的差异，作者绘制富集图。结果表明，m6Ascore-high组中RNA修饰，DNA损伤修复和细胞周期是显著增强的通路（f）。有3个m6A调控因子与PDAC总生存期有关（g）。DNA损伤修复的关键调控因子富集在m6Ascore-high组（i）。有趣的是，m6Ascore-high组的免疫反应通路活性较低，表明存在免疫逃逸。

GSEA分析9.m6Ascore-high组具有immune-cold特征为进一步研究肿瘤免疫逃逸，作者评估m6Ascore-high和m6Ascore-low组66种免疫标记物（a）。作者发现毒性T细胞标记物，T辅助细胞标记物和B细胞标记物在m6Ascore-high组中表达水平较低，PD1和CTLA4在m6Ascore-high表达水平较低而PD-L1表达水平较高（）。然而，m6Ascore-high组的NK细胞标志物和DCs标志物表达水平较低（b和5c）。使用CIBERSORTs评估免疫细胞比例，m6Ascore-high组的CD8+ T细胞，naïve B细胞和记忆B细胞的比例较低而Tregs和记忆静息CD4+ T细胞比例较高（d）。这些结果表明，降低免疫监视有助于m6Ascore-high组的免疫逃逸。

m6Ascore-high组具有immune-cold特征10.突变和体细胞拷贝数变异（SCNAs）m6Ascore-high和m6Ascore-low组进行突变分析，KRAS和TP53是突变差异最大的基因（a和6b）。与野生型相比，m6Ascore发生KRAS突变和TP53突变的比例较高（c和6d）。m6Ascore与TP53突变诱导基因激活正相关（e和6f）。TP53诱导的基因在m6score-high中的表达水平较低（g）。结果表明，突变的差异可能是两组预后不同的原因。 突变分析两组的SCNAs分析发现，m6Ascore-high组存在更多的扩增区域和更少的缺失区域（a和7b）。m6Ascore-low组的扩增峰值为19q13.2，缺失峰值为9p21.3（c和7d）。TCGA队列和UTSW队列中有26%和50%的患者存在m6A调控因子的基因突变（e和7f）。

SCNAs分析11.m6Ascore可以作为预测ICI免疫治疗反应的标志物以上结果表明m6Ascore与肿瘤免疫逃逸有关。作者接下来研究趋化因子配体（CCL）和趋化因子（C-X-C motif）配体(CXCL)家族中配体和受体的表达水平。m6Ascore-high组中大部分CCL和CXCL家族的配体和受体表达水平较低（a）。这些结果表明，m6Ascore-high组中抑制趋化因子信号可能会导致PDAC免疫逃逸。此外，CTLA4，XCR1，BATF3，IRF8，FLT3在m6Ascore-high组中上调表达（b）。以上结果表明，m6Ascore可以预测ICI免疫治疗应答的效果。接下来，作者研究m6Ascore是否可以预测抗PD-1治疗和抗CTLA4治疗患者对ICI的反应。抗PD-1患者中，m6Ascore-low组的PR/CR率较高且生存期较长（c，8e和8g）。抗CTLA4患者中，m6Ascore-low组的有效率较高且生存期较长（d，8f和8h）。

m6Ascore和ICI反应的相关性小结：总的来说，m6Ascore与PDAC和其他恶性肿瘤总生存期低和肿瘤复发有关。其中Basal-like和鳞状亚型PDAC的m6Ascore较高。m6Ascore-high组存在免疫浸润较少且T细胞衰竭的特点。m6Ascore与PDAC中恶病质和化学耐药性的调控基因有关。m6Ascore-low对免疫检查点抑制剂（ICI）的应答率更高。m6Ascore可以作为一种潜在的PDAC分类方法，鉴定不同免疫浸润和突变模式，同时可以预测免疫逃逸风险和预测ICI免疫治疗反应。类似m6A肿瘤研究文章也不少发表，不加实验依然能发的关键在于目前阶段m6A热度依然在，且分析方法和内容也多样丰富。如果你苦于寻找科研最新热点那就赶紧联系我们吧！有生信相关问题联系：18501230653（微信同号）欢迎关注转录组| 甲基化 | 重测序 | 单细胞 | m6A|多组学  cytoscape | limma | WGCNA |水熊虫传奇|linux电泳 | PCR | 测序简史 | 核型 | NIPT | 基础实验 基因| 2019-nCoV | 富集分析 | 联合分析 |微环境 瘟疫追凶| 思路汇总| 学者 | 科研 | 撤稿| 读博|工作