生信公司内部资料linux大全(二)

admin 19 2025-01-25 编辑

1.3 压缩解压缩

1.3.1 tar

功能说明:加入或还原备份文件内的文件

语 法:tar -f[cxzjv] <file>

参 数:-f 必加参数

-c 创建备份文件

-x 从备份文件中还原文件

-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件

-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件

-v 显示命令执行过程

Example :tar -cf newfile.tar file1 file2 将file1,file2文件打包到newfile.tar

tar -xf newfile.tar 提取newfile.tar中的文件

tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2 将file1,file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为 newfile.tar.gz

tar -xzvf newfile.tar.gz 将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件

1.3.2 zip

功能说明:压缩并生成“.zip”结尾的文件

语 法:zip [-1..9][-r] <newfile.zip> <sourcefile/dir>

参 数:-r 将子目录下所有文件和目录一并处理

-1..9 压缩效率,数值越大,压缩效率越高

Example :zipnewfile.zip file1 file2 将file1,file2进行压缩到newfile.zip内

解压方式:使用unzip进行解压,unzip newfile.zip

1.3.3 gzip

功能说明:压缩并生成“.gz”结尾的文件

语 法:gzip [-1..9][-r] <file/dirname>

参 数:-r 对目录下的文件进行压缩,但不会对目录进行压缩

-1..9 压缩效率,数值越大,压缩效率越高(默认6)

Example :gzip file 将file压缩为file.gz并删除源文件

解压方式:使用gunzip进行解压,gunzip file.gz

1.3.4 bzip2

功能说明:压缩并生成“.bz2”结尾的文件

语 法:bzip2 <file>

Example :bzip2 file 将file压缩为file.bz2并删除源文件

解压方式:使用bunzip2进行解压,bunzip2file.bz2

1.4数据统计与处理

1.4.1 sort

功能说明:将文本文件内容进行排序

语 法:sort [-nkr]<filename>

参 数:-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序(默认按ascii码从小到大排序)

-k <num> 按第num列内容对文件排序(默认按第一列)

-r 反向排序

Example :sort file 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。

sort -n -k 3 file 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。

sort -nr -k1,2 file 对file文件按数值大小反向排序,优先考虑第一列,再考虑第二列

1.4.2 uniq

功能说明:合并文件中相邻的相同的行

语 法:uniq [-cd] <file> [outfile]

参 数:-c 在每行第一列显示该行重复次数

-d 仅显示有重复的行

Example :uniq -c file 合并相同的行,并统计每行重复次数,输出到屏幕

uniq -d file outfile 合并相同的行,并显示file中有重复出现的行,输出到outfile文件中

1.4.3 wc

功能说明:统计文件中字节数

语 法:wc [-cwl] <file>

参 数:-c 只统计字节数/Bytes数

-w 只统计字数(单词数)

-l 只统计行数

Example :wcfile 显示文件file的字节数,字数,行数

wc -l file 显示文件file的行数

1.4.4 grep

功能说明:查找文件中符合条件的行

语 法:grep [-v] <string> <file>

参 数:-v 不匹配,显示文件中不匹配string的行

Example :grep world file 查找文件中含有“world”的行

grep -v world file 查找文件中不含有“world”的行

1.4.5 awk

功能说明:对特定的行中特定的列进行操作

语 法:awk [-F] ‘(condition){operate}’ <filename>

参 数:-F 指定列的分割符,可以使任意字符,默认按空白分割

Example :awk -F “:” ‘{print $1}’ 按“:”来分割并打印出第一列

awk ‘($1 > 100){print $0}’ 对第一列大于100的行整行输出

awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。

awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’ 对第三列匹配“world”的行的第一列求和,全部处理完之后输

出结果x的值

1.4.6 sed

功能说明:文本处理并可对文件进行编辑

语 法:sed [-i] '{command}' <filename>

参 数:-i 直接在原文件中修改(默认修改后屏幕输出,原文件不变)

Example :sed -i ‘s/test/new_word/’ file 将file文件中的test字符替换为new_word

sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作

sed -i ‘/^$/ d’ file 将文件file中的空白行删除(d)

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