Aspera下载数据实操课程

最近有一个老师需要对RNA-seq中miRNA进行筛选，需要下载20多个原始的RNA-seq数据。

其实这个需求不是很难。

耗时可能在下载数据上。

但是数据下载，下载了一周居然没搞定。

鬼知道发生了什么。

其实也不能说没有搞定，前期在服务器上其实数据都已经下载完毕了，不过技术人员在做后期比对的时候，没有注意到内存的使用，把服务器给弄崩溃了。

其实这个需求，比对定量，在个人PC上也可以做的。

既然服务器死掉了，也就得需要重新下载数据，技术的电脑上安装Aspera有问题，那我电脑速度太慢。并且Aspera下载的时候提示访问受限。可能原因在于我安装了某软件。

问题不大，但是却很恶心。

本周女朋友回来了，本来想开开心心的玩两天，但是发现心里存着事，难受。

给客户承诺，本周末交付结果，虽然是义务帮忙，但是也觉得承诺的事情，不做，自己玩也不痛快。

周日和女朋友要参加一个同学的婚礼，我开车先到公司，取一块移动硬盘，然后带着女朋友前往西三环的酒店。

放下她之后，自己找了一个酒店附近的网吧。

这个网吧，居然没有空调。

找了一个靠近风扇的地方。

下载Aspera（win）链接：https://downloads.asperasoft.com/connect2/

点击安装

这一块的教程，包括如何下载基因组数据，大家可以往前翻，看下之前的教程：手把手Aspera下载数据

今天教给大家利用Aspera如何下载SRA数据。

基因组数据等可以通过浏览器直接点击自动激发Aspera，进行下载。

但是现在ftp链接不支持，只能改成http进行访问，这时，点击http进入，是没有办法激发Aspera的。

因此这里只能参考类似linux下使用的方法，黑屏进行操作。

点击window图标，然后在搜索框嵌入“cmd”启动dos。

如图显示

复制下Aspera安装的路径，通过cd命令切换到Aspera的bin目录下。

然后可以使用如下命令行进行数据下载了。

1、  单个文件下载

ascp -Q -T -k 1 -l 200m -i ..\etc\asperaweb_id_dsa.opensshanonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR188/ERR188245/ERR188245.sraC:\database

2、  多个文件下载

ascp -Q -T -k 1 -l 200m -i ..\etc\asperaweb_id_dsa.openssh--mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-listC:\database\filelist.txt M:\database

Filielist中文件格式

到此已经完成了SRA的下载。

更为详尽的linux，window各种数据下载方法，我们的一个美女小编已经录制视频，近期上线。

当然如果有高手，知道这个错误是啥原因，也欢迎在下方留言，谢谢。这个是我在自己电脑上测试的时候，报的错误，至今没有搞定，防火墙也关了，也不好使。

现在11点半，我先去喝喜酒，回来希望就能下载完了。

Bye

附隔壁吃鸡游戏界面。