一文知晓线粒体质量控制如何生信

admin 3 2025-02-08 编辑

你可以永远相信线粒体热点

不一样的线粒体思路:线粒体动力学

国自然中标热点预测:线粒体动力学

马上就到国自然申报时间了,小伙伴们手里是否已经有准备好合适的课题打赢这场战争?回顾22年国自然中标情况,线粒体第三的地位在新的一年里能不能超过巨噬细胞呢?小编认为希望是很大的,原因在于22年里给大家详细讲述巨噬细胞方向时已发现大量的巨噬细胞文章,反观线粒体与疾病之间的串扰并不像巨噬细胞那样被研究那么透彻。

线粒体为细胞提供能量、并控制氧化还原稳态、致癌信号、先天免疫和凋亡。事实上,线粒体的生物过程和质量控制在癌症中经常被上调。几十年前Warburg观察到癌症在氧气存在的情况下发酵葡萄糖,这表明线粒体呼吸的缺陷可能是癌症的潜在原因。所以基于线粒体的研究依然大有可为。

 

线粒体动力学方向

经典与个性化

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那么今天给大家带来的一系列线粒体思路又是怎样的呢,当然我们不能像之前那样收集一堆不做细节方向区别的线粒体基因无差别的放在一起做分析,这样的分析已经有发表的文章,那么怎么做才能让你的线粒体研究更新颖且有意义呢?

我们关注到,线粒体作为组织内稳态必不可少的能量发生器和程序性凋亡和坏死细胞死亡的通道,其核心功能使得线粒体的质量和数量需受到严格控制。线粒体的融合、分裂、自噬(线粒体动力学)维持着线粒体正常的形态、分布、功能和数量。线粒体的失衡通常与人类各种疾病,包括肿瘤的发生发展。所以我们把重点放在线粒体动力学的调控因子上。

小编看到这个过程的时候就在想这与m6A甲基化修饰过程调控相关酶:Writers(催化m6A甲基化的发生)、Erasers(去除m6A甲基化的修饰)和Readers(识别m6A修饰位点)不是异曲同工吗?那么是否能把之前m6A的系列做法同样用到线粒体动力学调控因子上呢?那么跟着小编看看怎么做吧。

 

思路一、线粒体动力学相关signature

当我们拿到一个基因集合的时候,最基础的思路就是基于这个基因集合进行筛选,并且构建一个signature。以m6A为例,最简单的便是构建预后signature。特点是快准狠,不到1个月就能轻松做出一个3-5水平的结果。

 

思路二、线粒体动力学相关疾病分型思路

基于某个基因集合的分子分型可以很好的关联临床,同样是非常经典的思路。当然与思路一的区别在于分析内容相对较多,书写起来相对难一点。不过如果结果很好的话,是有机会冲高分(m6A 修饰模式研究当年可是发到了MC影响因子40+的水平)。

 

思路三、单细胞数据出发或者单细胞联合bulk RNA数据研究

单细胞结合bulk RNA发文是当前主流,单纯的单细胞数据挖掘或者联合bulk RNA数据,能够轻松做到6+以上水平。只不过与前两个比起来,分析难度提升了不少。

 

思路四、泛癌研究

涉及泛癌的研究影响因子肯定不低,只要基因集合挑得好有新意,连单细胞都不用加随随便便都是8+以上,泛癌分析就是要拼速度,不然别人做了再发就很尴尬了,审稿人对这种形式也还是非常愿意接收的。

 

思路五、非编码RNA 预后signature

非编码RNA其实都不用多说,因为研究的人并没有那么多竞争没那么大。唯一需要注意的就是lncRNA的队列并不多,不好做验证。

结语

除了为大家整理的思路之外,想抓住线粒体动力学这个点,还有非常多的角度(除了癌症线粒体还与胚胎发育、脑、心血管等疾病相关)。随着现在生信的发展,很多思路都非常成熟,比的就是谁更快。小编也为了方便大家评估这个方向的可行性已经整理了线粒体动力学(融合、分裂、自噬)过程的调控因子并在各个癌型中做了初步评估。想要获取初步分析结果以及其他经典思路和个性化思路,赶快扫码上车。

 

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