热点6:HRDscore风险评估

admin 5 2025-02-04 编辑

大家好,Duang~duang~我又来了!对于昨天公众号推出的HRD热点,填表的粉丝超级多,但是也有很多粉丝说理解不了。那么今天就给大家简单介绍下今年关于HRD热点两篇发表在CLINICAL CANCER RESEARCH(IF: 10.107)的文章。在分享文章之前,首先对相关概念和知识做一个简单的介绍:HRR:DNA同源重组修复,是DNA双链损伤的重要修复方式。HRD:同源重组修复缺陷,HRD是肿瘤组织常见的一种特征。HRD marker:证据最全的HRD生物标记是胚系BRCA1/2突变,但是其它HRD相关基因突变(eg: PALB2, CDK12,RAD51, CHEK2, ATM等)也可能会引HRR通路失调进而引起HRD,诱导肿瘤细胞死亡。

HRD 得分: FDA获批的Myriad’s myChoice HRD检测综合基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡(TAI)、大片段迁移(LST)等进行评分,分值≥42分或BRCA突变者定义为HRD阳性。

HRD患者治疗:HRD患者肿瘤细胞对铂类药物或者PARP抑制剂更敏感,已用于临床,有显著的临床治疗效果。 文献分享1:Detection of molecular signatures of homologous recombination deficiency in prostate cancer with or without BRCA1/2 mutations携带or不携带BRCA1 / 2突变的前列腺癌同源重组缺陷的分子标记检测(2020 Jun 1)数据:PRAD-CA, EOPC-DE, PRAD-UK队列前列腺全基因组测序数据、TCGA前列腺癌全外显子组测序数据思路:研究使用基因组数据评估了HRD水平,已知的BRCA突变样本中发现了HRD相关的突变特征,在没有携带BRCA突变的样本中也检测到了相关突变特征,TCGA全外显子数据也得到了相似结果。基于HRD相关突变特征,预测5-8%的前列腺患者会因PARP抑制剂获益。结果1 、前列腺癌全基因组BRCA突变频率2、 基于基因组疤痕的HRD得分比较,发现有部分样本未突变,HRD得分也大于423、 BRCA 功能缺失与突变特征的关系4 、HRDetect 得分(不同突变特征间比较)5 、其他HR相关基因的突变分析,未发现等位突变6、肿瘤异质性分析,无明显差别7、转移性前列腺癌的HRD得分和HRDetect得分比较

 文献分享2:Genomic Methods Identify Homologous Recombination Deficiency in Pancreas Adenocarcinoma and Optimize Treatment Selection 基因组方法识别胰腺癌同源重组缺陷并优化治疗选择(2020 Jul 1) 结果:1 、胰腺癌中热点突变基因和HRD基因landscape2、 胰腺癌不同铂治疗和非铂治疗患者生存3 、不同突变状态的LST得分比较4 、不同HR基因突变和基因特征的病人,在铂的影响下的生存比较5 、基因组的方法识别HRD的一致性和稳定性评估

综上可以看出,围绕HRD展开的大部工作是研究HRD相关基因的突变情况,尤其是BRCA1/2的体细胞突变和胚系突变,基因组学识别HRD的准确性。没有涉及任何转录组学的研究。因此,那么是不是可以从基因组识别HRD分组出发,构建转录组的预后signature看看与基因组学识别的一致性呢?因此,推出基于转录组学的HRD预后思路:公开数据(自测数据更佳)纯生信 有HRD分析需求可 扫码填写信息主体思路(部分图):1、分组看生存差异,以及HRDscore与临床特征分析

2、一系列降维操作识别构建转录组预后模型包含的HRD marker,构建预后模型

3、HRD转录组预后模型与基因组HRDscore对比4、风险分组各层面差异(免疫浸润、铂类药物治疗、免疫治疗、突变等)

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