今天跟大家分享的是十二月份发表在Frontiers in Oncology (IF: 4.137)杂志上的一篇文章,这是一篇关于LDHA与口腔鳞状细胞癌的研究。该工作首先利用生信分析预测了LDHA的功能,并通过体内外实验对该基因的功能进行验证,并利用药物(草酸盐)对LDH进行靶向调控,推测潜在的癌症治疗药物。LDHA Promotes Oral Squamous Cell Carcinoma Progression Through Facilitating Glycolysis and Epithelial–Mesenchymal TransitionLDHA通过促进糖酵解和上皮-间质转化促进口腔鳞状细胞癌的发展 有氧糖酵解是癌细胞中能量代谢的主要途径。通过增加乳酸的产生为
肿瘤的发展和转移提供能量。乳酸脱氢酶A(lactate dehydrogenase A, LDHA)通过催化丙酮酸向乳酸的转化来促进糖酵解过程。尽管LDHA在多种癌症中均表现出致癌作用,但其在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma, OSCC)中的作用机制仍不清楚。研究发现,LDHA在OSCC组织和细胞系中均表现出过表达,并且与OSCC患者的总体生存率显著相关。使用加权基因共表达网络(WGCNA)分析发现上皮-间质转化(EMT)密切相关。敲除LDHA抑制EMT、增殖、迁移和侵袭。此外,LDHA的敲除抑制了体内
肿瘤的生长。综上,LDHA通过促进糖酵解和EMT来促进OSCC恶性进展,且LDHA可能作为潜在的癌症治疗靶点。结果1. LDHA在OSCC中上调,且与不良预后有关在89个OSCC病人和18个癌旁组织检测OSCC的表达,发现OSCC病人LDHA高表达( A, B)。此外,LDHA表达和病理分化以及
肿瘤分期相关(C, D),而与年龄、性别等并没有显著相关性(表1)。利用RT-qPCR实验证实了25个OSCC病人中LDHA的m
RNA表达水平显著上调(E)。利用western blot发现LDHA蛋白水平也显著上调(F)。在不同OSCC细胞系同样发现LDHA相对正常组织上调(G)。在TCGA数据集中同样发现LDHA的上调。生存分析发现LDHA的表达与生存负相关,即高表达LDHA样本伴随不良预后(I)。
LDHA在OSCC中上调且伴随不良的预后
表1 LDHA的表达与临床病理特征的关联2. 加权共表达网络的构建和模块挖掘利用WGCNA R包进行加权共表达网络的构建和分析(附)。首先进行基因和样本的筛选,再选择合适的软阈值(beta=6)进行网络构建,以及网络模块的挖掘。发现red模块的特征基因(eigengene)与LDHA基因显著相关。且red模块中的基因与LDHA共表达。接下来针对red模块进行后续分析。
附. WGCNA加权共表达网络构建3. Red模块的GO和KEGG富集分析对red模块中的基因进行GO和KEGG富集分析,GO富集分析发现基因富集在一些与细胞粘附相关的生物学过程(A)和一些ECM相关的细胞组分(B)。KEGG富集分析发现也富集在EM受体互作通路中(C)。
LDHA通过诱导EMT促进OSCC4. LDHA调控EMT利用clusterProfiler包进行GSEA富集分析,发现LDHA高表达组的EMT通路显著激活(D)。推测LDHA可能通过影响细胞黏粘诱导EMT促进肿瘤发展。通过RT-qPCR发现,敲除LDHA检测EMT的marker基因(E, F)。发现LDHA与上皮表型呈负相关,与间充质表型呈正相关(G, H)。通过免疫组化同样得到验证(I)。利用TGF-β1处理48h诱导EMT,发现可以通过敲除LDHA得到逆转(J, k) 5. LDHA敲除抑制OSCC细胞的有氧糖酵解、增殖、迁移和侵袭敲除LDHA可减少HSC3和SCC15细胞系的葡萄糖消耗和乳酸的产生(A, B)。LDHA的敲除抑制HSC3和SCC15细胞系的增殖能力(C, D)。LDHA的敲除抑制HSC3和SCC15细胞系的迁移和侵袭能力(E, F)。小鼠成瘤实验也表明,敲除LDHA有效抑制OSCC肿瘤生长(G-I)。
敲除LDHA抑制OSCC的有氧糖酵解,增殖,迁移和侵袭6. 草酸盐对OSCC细胞生物学功能的影响利用草酸盐抑制LDH活性并检测OSCC细胞的生物学功能(A)。通过用各种浓度的草酸盐处理HSC3和SCC15细胞,以剂量依赖的方式减少葡萄糖的消耗和乳酸的产生(B, C)。此外,草酸盐以剂量依赖的方式抑制HSC3和SCC15细胞的增殖,迁移和侵袭(D-G)。
草酸盐对OSCC细胞生物学功能的影响
欢迎关注
TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 | 基因家族 | Pvalue
基因预测 |bestorf | sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图
生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos
舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 | 进化 | 测序简史