还记得去年六月份的时候（没错，2021.06已经是去年了）为大家分享了细胞焦亡的专题，提到了细胞焦亡的研究潜力。在专题推出一个月之后，小编为大家整理了截止到七月十三号的所有纯生信细胞焦亡文章，一共三篇。2021年已经结束了，我们再回头看看目前细胞焦亡纯生信文章的情况。

截止到2022.01.17，一共检索到47篇纯生信或者生信为主（添加少量实验验证）的文章，文章水平在IF 2-9；除了一篇非肿瘤疾病研究，其余的文章都是肿瘤研究；此外，出现了一篇IF 6+的泛癌分析文章。

由于涉及的肿瘤类型非常多，小编仅针对乳腺癌，为大家解析去年乳腺癌细胞焦亡的纯生信文章都是如何构思的。

1.Identification of Novel Pyroptosis-Related lncRNAs Associated with the Prognosis of Breast Cancer Through Interactive Analysis

细胞焦亡和lncRNA在乳腺癌中的作用仍然具有争议，作者以此为背景探索乳腺癌中细胞焦亡相关的lncRNA。

作者将TCGA数据分为训练集和验证集，基于33个文献收集的细胞焦亡基因，构建PPI网络并探索其功能。在abs R>0.4的基础上筛选相关lncRNA，采用单变量cox，LASSO和多变量cox构建预后模型。在训练集和验证集中探索其预后效能、独立性以及临床特征相关性；通过GSEA和免疫浸润探索其分子机制并使用qRT-PCR进行验证。

2.Molecular Characteristics, Clinical Implication, and Cancer Immunity Interactions of Pyroptosis-Related Genes in Breast Cancer

细胞焦亡是一种全新的程序性细胞死亡的炎症形式，然而，还没有研究在乳腺癌中报道细胞焦亡相关基因的预后意义。因此，作者系统地表征了细胞焦亡相关基因在乳腺癌中特异的功能和临床意义。

基于TCGA数据和33个文献收集的细胞焦亡基因，作者探索了细胞焦亡的基因水平和转录水平，构建PPI网络并分析其功能。采用单变量cox和多变量cox构建逐步回归模型，在训练集和验证集中分析模型预后效能（DFS）、独立性以及临床特征相关性。通过免疫特征和GSEA解析其分子机制并构建nomogram。最后利用WB和IF进行验证。

3.A Novel Pyroptosis-Associated Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis and Tumor Immune Microenvironment of Patients With Breast Cancer

细胞焦亡作为一种程序性细胞死亡在肿瘤发生和进展中发挥重要作用，其特点是破坏细胞膜并释放炎性物质。然而，很少有研究在乳腺癌中聚焦细胞焦亡相关的lncRNA。作者的目的是在乳腺癌中探索细胞焦亡相关lncRNA的预后作用及其与TME的相关性。

作者将TCGA数据分为训练集和验证集，基于27个MSigDB获取的细胞焦亡基因，在abs R>0.3的基础上识别细胞焦亡相关lncRNA。采用单变量cox和多变量cox构建逐步回归模型，使用两套mRNA数据分析乳腺癌中细胞焦亡通路活性水平。在训练集和验证集中评估模型预后效能和独立性，并构建共表达网络。通过GSEA和免疫微环境探索其分子机制，并构建nomogram。

4.Comprehensive Analysis of Pyroptosis-Related Genes and Tumor Microenvironment Infiltration Characterization in Breast Cancer

免疫治疗已经成为许多癌症的重要治疗策略。免疫治疗的积极反应依赖于肿瘤微环境中肿瘤细胞和浸润淋巴细胞的动态互作。细胞焦亡作为一种炎症诱导的细胞死亡，与多种癌症具有复杂的相关性。然而，乳腺癌中细胞焦亡与临床预后，免疫细胞浸润以及免疫治疗响应的关系仍然不清楚。

基于TCGA数据和33个文献获取的细胞焦亡基因，作者探索了细胞焦亡基因的突变与CNV。合并TCGA与GEO数据之后采用无监督聚类识别不同的细胞焦亡模式，并探索组间免疫微环境和功能差异。通过PCA的方式构建单个患者细胞焦亡得分并评估其预后效能和免疫治疗预测效能。

5.Identification of pyroptosis-related lncRNAs for constructing a prognostic model and their correlation with immune infiltration in breast cancer

炎症小体依赖的细胞死亡--细胞焦亡，可能在肿瘤发生和进展中受到异常调控。LncRNA是乳腺癌核心的调节因子，具有成为乳腺癌治疗诊断biomarker的潜力。作者旨在识别乳腺癌中预后相关的lncRNA以构建预后模型并探索其与免疫浸润的关系。

基于TCGA数据和文献获取的33个细胞焦亡基因，在pearson.cor.p<0.05的基础上识别16个预后相关lncRNA。采用LASSO cox构建8个lncRNA的预后模型并验证其独立性。通过GSEA和免疫特征解析其分子机制，最后使用qRT-PCR验证高低分组间表达水平。

总结：

总的来说，去年细胞焦亡乳腺癌一共发表五篇文章。按照时间顺序，四篇都集中在九月，一篇在十一月。LncRNA研究占3/5，添加实验的同样占3/5。当然了，这五篇文章水平参差不齐，有的甚至出现了图文不对应会严重影响结果的情况；不过还是可以给我们一些提示，细胞焦亡的肿瘤研究潜力是巨大的！