今天跟大家分享的是今年二月份发表在frontiers in Oncology（IF:4.137）上的一篇文章Identification of Therapeutic Targets and Prognostic Biomarkers Among CXC Chemokines in the Renal Cell Carcinoma Microenvironment识别肾细胞癌微环境中CXC趋化因子的治疗靶标和预后生物标志物 每年40万的肾癌患者中有17.5万人死亡，肾细胞癌（Renal Cell Carcinoma,RCC）起源于肾上皮细胞，占肾癌的90%以上。另外，肿瘤微环境中的CXC趋化因子可调节免疫细胞的转运，调节肿瘤细胞的活性，从而发挥抗肿瘤免疫作用，影响患者预后。因此，CXC趋化因子是多种肿瘤的潜在治疗靶点和预后生物标志物，包括RCC。这篇文章主要是基于各大公共数据资源对CXC趋化因子的表达水平、功能、靶标以及与免疫的关系几方面进行分析。文章的基本流程及其应用到的数据资源如下：①CXC趋化因子在RCC中的差异表达及预后ONCOMINE (www.oncomine.org)GEPIA UALCAN ②CXC趋化因子的遗传改变，共表达情况和互作网cBioPortal (www.cbioportal.org)GeneMANIA STRING ③功能富集分析DAVID 6.8 Metascape ④CXC趋化因子的靶点预测TRRUST LinkedOmics ⑤CXC趋化因子和免疫TIMER  结果1. RCC 患者CXC趋化因子的异常表达首先用ONCOMINE和UALCAN进行了差异表达分析。根据ONCOMINE，与正常肾组织相比，肾细胞癌组织中CXCL6、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL16的转录水平明显升高，而CXCL3、CXCL7、CXCL13的转录水平明显降低（）。根据UALCAN，肿瘤组织中CXCL1、CXCL2、CXCL5、CXCL9等趋化因子的转录水平明显升高，而CXCL12的转录水平明显降低（）。

 .RCC中CXC趋化因子的mRNA水平（ONCOMINE）  

.RCC中CXC趋化因子的mRNA水平（UALCAN） 利用GEPIA分析了CXC趋化因子的表达水平与RCC的病理分期之间的相关性以及预后分析。发现随着癌症的不断进展，CXC1、CXC5、CXC9、CXC10、CXC11和 CXC13的表达水平上升（）。另外预后分析发现CXCL1和CXCL5等差异表达的趋化因子的低表达与患者的较长生存期显著相关（）。这些数据表明，这些CXC趋化因子在肾细胞癌的发生发展中起着重要的作用。

.CXC趋化因子的表达与RCC病理分期（GEPIA）

 

 .差异表达的CXC趋化因子生存分析（GEPIA，以CXCL1为例） 2. RCC中CXC趋化因子的遗传改变、共表达、邻近基因网络和相互作用分析为了研究CXC趋化因子的作用机制，文章利用cBioPortal，基于TCGA数据库分析了CXC趋化因子的遗传改变、共表达以及网络模块分析；利用GeneMANIA和STRING进行了PPI网络分析。发现CXC趋化因子中大部分存在不同程度的遗传改变和潜在的共表达情况，并提取了50个与RCC中差异表达的CXC的调节和功能显著相关的基因（）。

 .遗传改变，共表达及网络（cBioPortal，GeneMANIA，STRING） 3. CXC趋化因子的功能和靶标功能方面，文章利用DAVID 6.8和Metascape分析了差异表达的CXC趋化因子及其邻近基因的功能，主要与趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用和ILK信号通路有关（）。

 .功能富集（DAVID） 另外，为了研究CXC趋化因子的作用机制，文章利用了TRRUST和LinkedOmics数据库对差异表达的CXC趋化因子可能的转录因子靶点和激酶靶点进行了探索，发现了三个关键转录因子(RELA、NFKB1和SP1，表1）)和若干激酶靶点（表2）。

 表1.CXC趋化因子的转录因子靶标（TRRUST） 

 表2.CXC趋化因子激酶靶标（LinkedOmics） 4.RCC中CXC趋化因子水平与免疫水平相关文章最后通过TIMER计算了RCC患者的免疫浸润水平并和CXC趋化因子的表达进行了相关分析，发现差异表达的CXC趋化因子和免疫水平存在一定的相关性（小编以CXCL1为例），CXCL1的表达与CD8+ T细胞浸润呈负相关，与CD4+ T细胞浸润呈正相关。进一步证明了CXC趋化因子通过参与免疫反应来调节肿瘤发展的作用机制。

 .CXC趋化因子与免疫细胞浸润的相关性 综上，该工作通过利用已有的公共数据库及线上工具对RCC中的CXC趋化因子进行分析，证实了CXC趋化因子可能通过不同的作用机制参与RCC的发生发展，文章中识别到的差异CXC趋化因子及其靶标有助于在RCC的临床研究中选择合适的药物和预后生物标志物。感谢阅读！欢迎关注转录组 | 甲基化 | 重测序 | 单细胞 | m6A|多组学  cytoscape | limma | WGCNA |水熊虫传奇|linux电泳 | PCR | 测序简史 | 核型 | NIPT | 基础实验 基因| 2019-nCoV | 富集分析 | 联合分析 |微环境 瘟疫追凶| 思路汇总| 学者| 科研 | 撤稿 | 读博|基因