在比较基因组学研究中，构建树种进化树是非常重要的一步，首先我觉得有必要跟大家区别两个概念，就是物种树和基因树是不一样的。

首先基因树就是比较同源基因之间的进化关系，一般做法就是将同源基因序列比对成一样长的序列，然后借助其他的构树软件进行构树，画图。

对于物种树呢，这个概念是指真正意义上物种之间的进化关系的情况，目前尚且没有什么技术可以获得绝对的物种之间的进化关系。我们更多的是将物种的所有基因连成一个super基因，然后比对齐之后，构树。也就是说借用这个超级基因来作为物种树的估计，用此来估计物种真正的进化关系。

当然，在得到物种进化树之后，我们更多的是要分析这个树的真实性和可靠性。比对它在传统系统分类学上的进化关系是什么样子的，这个对于我们研究是很有用的。

下面介绍下如果利用NCBI来获得物种在系统分类上的进化树。

首先打开网站http://gps.shengxin.ren/

点击更多

然后点击红色区域--物种系统分类学进化树的显示工具。

这里可以选择在线输入名字或者导入文件。

我以导入文件为例：

我的文件如下：

Human

Mouse

Rat

Dog

保存为txt文本格式，然后导入，然后点击运行：

点击select

然后点击save 保存为pyhlip tree格式

然后用treeview软件打开。

这样我们就得到了物种从系统分类上的进化关系。

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