Circos整体学习（2） Circos中的三种数据格式文件介绍

Circos主要是展示关系的，因此小编简单的介绍下circos中关于关系部分是如何展示的，其实这些关系首先你已经利用各种手段获取到，然后借助circos展示出来。

首先这里还得借助基因组的概念。绘制关系之前要把染色体绘制出来。

绘制染色体的话，就很简单了，一般我们需要三个信息：每条染色体的名字、展示颜色、长度。通过这些我们就可以绘制出染色体的示意图。

在circos中称为karyotypes数据，这里规定格式如下（规定就是规定，这里就像fa为啥>开头一样，没有什么可讲的）

karyotypes格式如下：

这里要注意的是chr1是颜色，因为circos经常用于绘制人的染色体，所以索性直接用人的染色体名字缩写代表染色体的颜色。

OK，有了染色体的相关信息，我们就可以绘制染色体示意图啦。

下一步就是建立他们之间的联系，这种联系在circos中叫做links。大家考虑下建立links，需要什么信息，其实也是很简单，也是三个信息：哪两条染色体之间、哪个区域、这个links的属性（颜色、粗细）

格式如下：

这里注意为啥最后一列不直接写颜色，是因为这里添加一个属性标签，在conf控制文件中可以根据这个标签进行区分，然后添加不同的颜色和线条粗细。这样对于后面绘制更有帮助。

添加完毕links信息之后，利用circos绘制。结果如下：

这样关系circos中最为重要的两个文件格式就介绍完毕了。

另外circos中还常用的数据格式如下：

线性、散点、热图、直方图、文本格式都是一样的，都是三个信息：哪条染色体、区域、还有就是属性（宽度、颜色、文字）：

相信到此为止，大家多circos的数据格式基本了解了。

其实circos中还有一个文件没有介绍就是控制文件，也称为conf文件。

下一节主要介绍conf文件如何调用以上的数据文件，绘制牛叉的circos图片。

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