今天跟大家分享的是20年10月发表在Nucleic Acids Research（IF: 11.502）上的一篇文章，该篇文章来自于哈尔滨医科大学的李春权研究团队，该课题组开发出一个专注于人类lncRNA集合注释和富集分析的数据库LncSEA，该数据库lncRNA数据资源丰富，提供超过40000种参考lncRNA 集合，包括18个类型（miRNA，drug，disease等）和66个子类（网址：http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php）。

LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis

LncSEA：lncRNA集合富集分析利器

1.lncRNA资源的收集

开发团队不仅对20多个已发表数据库中的lncRNA功能信息进行收集，还通过整合TF-ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq和H3K27ac-ChIP-seq等高通量数据资源对lncRNA上游的转录调控相关集合（转录因子和DNA调控元件）进行预测（）。LncSEA中共包括18个类型的lncRNA,根据其数据源分类，不同类别特征，与lncRNAs之间的关系等原则，研究者进一步将其划分为66个子类。

.lncRNA资源的收集

2. LncSEA的功能

LncSEA主要包括Analysis，Search，Browse，ID conversion，和Download 5个功能模块，下面我们将详细对这5个功能模块的具体应用进行一一介绍（）。

. LncSEA的功能

Analysis

在Analysis模块，大家可以通过输入lncRNA集合列表或者上传lncRNA集合文件，选择感兴趣的lncRNA参考集合（Disease、Drug、Cancer Hallmark等），设置运行参数，点击Run即可进行lncRNA的注释和富集分析（）。

. Analysis功能

在Analysis结果页面（），用户可以任意选择18个类型对应分析结果的文本文件、气泡图和条形图。

. lncRNA集合注释结果展示和下载

Search

在Search模块，大家可以直接在输入栏里输入lncRNA ID（Gene Symbol/Ensembl ID/NCBI Refseq ID/Alias/Entrez Gene ID），基因区域或基因序列进行搜索来了解lncRNA所属分类和lncRNA的功能（）。

.lncRNA搜索

Browse

在Browse模块（），用户可以通过自定义Class和Sub Class快速搜索lncRNA集合。

. lncRNA浏览

ID conversion

在ID conversion部分，用户可以直接输入lncRNA集合或者上传集合文件，点击Convert，就可得到不同类型的ID结果，再点击Analysis又可以继续分析结果（）。

.ID 转换功能

Download

在Download部分（），用户可以下载参考集合的详细信息，后续自行完成本地的lncRNA富集分析。

. Download功能

之前的lncRNA富集一般需要先通过相关性分析把lncRNA和基因联系起来，通过对其相关基因的富集完成lncRNA的富集。lncSEA则是可以“减少中间商赚差价”，直接对lncRNA进行注释，在为我们提供更丰富简便快捷的lncRNA注释数据资源的同时，也使得注释结果更加准确。总之，LncSEA是一个非常实用又有充满新意的数据库呢，感兴趣的同学可以根据自己的实验结果，结合LncSEA筛选感兴趣的lncRNA，从而用于后续验证分析哦。