最近Hi-C技术十分火热，国内很多公司都引入了Hi-C技术，根本原因在于他能显著的提升组装水平，对于将scaffold挂载到染色体，更是比遗传图好很多。今天我在这里大概的讲解下Hi-C的技术和挂载原理。

什么是Hi-C

Hi-C技术是起源于3C技术，染色体构体捕获技术（Chromosome Conformation Capture， 开头字母3个C）这种技术本来利用与染色质构像分析，但是慢慢的变成了细胞内染色质相互作用的研究技术。

然后从3C技术中构建Hi-C技术的基础可以是：

1、染色质之间的互做只发生在染色质内。

2、距离越远，发生互做的可能性越小。

Hi-C挂载染色体，就是利用3维情况下的互做，指导二维基因组组装的一种应用。

Hi-C辅助组装原理

通过上图可以清楚的了解到，所谓的染色体序列在二维上物理距离很远，但是3维空间上很近（互做）。如果我们能够按照空间距离测序，可以获得非常长的marker店，这样就可以将scaffold组装的更长。

实验的设计原理如下

1、首先是利用某种试剂将有互做的位置固定

2、然后利用酶切割，然后加上可以被识别的接头

3、进行环化

4、切割，然后识别有接头的序列，进行两端测序。这样一对read中间的插入片段真的就是超级长。

组装原理

得到Hi-C的read之后，可以利用read和contig（scaffold）之间的比对情况，将序列链接起来。

具体的流程图如下：

1、利用发生互做的只在同一条染色质内，可以将不同的序列进行分类。

2、然后在组内，根据互做的情况，对contigs进行排序。

3、（重点）虽然2中对contigs排了序，但是congtigs得具体方向还是没有办法确定。可以利用的信息：二代测序的read的方向。彼此之间互做频率的情况等。第三步这里利用的算法是：仍然基于距离远，互做关系就少的原则。

对所有的congtigs的方向都进行考虑，然后给予一个打分（对数似然分数），选择一种分数最高的。最适合（最长，最完整）。~~~~~~（是不是动态规划可以更好的解决这个问题）

完

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