今天跟大家分享的是19年十二月份发表在Aging (Albany NY). (IF: 5.515) 杂志的一篇文章，这是卵巢癌中假基因/lncRNA-miRNA-mRNA调控轴的研究，类似于ceRNA研究套路。Dysregulation of pseudogene/lncRNA-hsa-miR-363-3p-SPOCK2 pathway fuels stage progression of ovarian cancer假基因/lncRNA-hsa-miR-363-3p-SPOCK2调控轴失调促进卵巢癌的分期进展 卵巢癌是女性中最常见的癌症类型之一。但卵巢癌进展的分子机制仍不清楚。本工作首先发现三个基因GJB2，S100A2和SPOCK2的表达水平在晚期显著高于卵巢癌的早期，且基因上调的卵巢癌患者的预后较差。经过靶miRNA预测，发现8、6和20个miRNA分别靶向GJB2，S100A2和SPOCK2。功能分析发现hsa-miR-363-3p-SPOCK2调控轴参与了肌动蛋白细胞骨架的调控。此外，发现6个假基因和8个lncRNA可能抑制卵巢癌中的hsa-miR-363-3p-SPOCK2调控轴。发现假基因/lncRNA-hsa-miR-363-3p-SPOCK2调控轴在卵巢癌进展中发挥重要作用，这可能为卵巢癌治疗提供有效的方法并作为潜在的预后标志物，工作流程图如所示。

 工作流程图 结果1. 卵巢癌分期进展相关的候选基因筛选利用GEO2R工具对GSE12470数据集进行差异分析，发现在早期卵巢癌和正常样本中2555个差异上调基因和2310个差异下调基因（A）。在晚期卵巢癌和早期卵巢癌中921个差异上调和196个差异下调基因（B）。为挖掘在疾病进展中发挥作用的基因，对两组差异基因取交集，发现35个上调基因和2个下调基因（C, D）。

卵巢癌差异基因识别

2. 卵巢癌候选基因表达的验证和生存分析为了提高识别卵巢癌相关基因的准确性，利用GEPIA数据库对卵巢癌在TCGA和GTEx数据集中进行差异基因识别，发现之前识别的37个差异基因中26个是差异表达的（）。且在TCGA数据集中，高表达GJB2, S100A2, SPOCK2, TGM1具有不良预后（A）。且候选基因的表达对OS和RFS也具有关联性（A-D）。在TCGA和GEO数据集中，GJB2, S100A2和SPOCK2的高表达患者均有较差的预后（E-G，这是原文：ovarian cancer patients with higher expression of GJB2, S100A2 and SPOCK2 showed better OS，但是图中展示高表达预后更差）。在GEO数据集中，TGM1的高表达患者有着更好的预后。

26个关键基因的表达箱式图 

  26个候选基因与预后的关联3. hsa-miR-363-3p-SPOCK2证实是与卵巢癌进展相关的调控轴利用miRNA靶预测算法（PITA、RNA22、miRmap、microT、miRanda、PicTar和TargetScan）预测调控GJB2, S100A2和SPOCK2的靶miRNA，分别识别了8, 6和20个靶miRNA（A-C）。对靶miRNA的表达与生存进行关联分析发现一些miRNA的表达与生存显著相关，例如hsa-miR-522-3p（D-F）。最后，计算miRNA与靶基因之间的表达相关性，发现miR-363-3p-SPOCK2调控轴是显著负相关的（G-L），最终留下miR-363-3p-SPOCK2调控轴进行后续分析。

卵巢癌候选基因上游靶miRNA识别，生存分析以及相关性分析4. hsa-miR-363-3p-SPOCK2轴参与肌动蛋白细胞骨架的调节利用UALCAN和GEPIA进行计算SPOCK2的共表达基因，发现77个基因在两个数据集中共同出现（ A）。利用Enrichr对77个共表达基因进行功能富集分析，发现参与一些actin cytoskeleton等细胞组分，以及cell-cell adhesion的分子功能等（B-E）。

  与SPOCK2共表达基因的富集分析 5. hsa-miR-363-3p上游潜在假基因和lncRNA利用starBase数据库预测hsa-miR-363-3p调控的lncRNA和假基因，预测得到56个假基因（A）。对假基因进行差异分析，发现6个假基因显著上调（B-G）。接着在不同stage的卵巢癌病人中评估假基因的差异情况，发现在晚期卵巢癌中高表达。计算假基因和miRNA的相关性，发现RPS26P15与hsa-miR-363-3p显著负相关，虽然一些其他的假基因相关性并不显著，但是仍旧呈现负相关性（N-S）。

hsa-miR-363-3p上游假基因的识别再利用starBase和miRNet进行hsa-miR-363-3p靶lncRNA的识别（A），发现8个hsa-miR-363-3p上游调控的lncRNA（）。这些lncRNA或假基因的上调可能和卵巢癌的进展有关（此处为何不对lncRNA计算相关性？）。并且推测卵巢癌中假基因/lncRNA-hsa-miR-363-3p-SPOCK2潜在的调控机制（）。

hsa-miR-363-3p上游lncRNA的识别 

  假基因/lncRNA-hsa-miR-363-3p-SPOCK2调控轴的机制图

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