早吖，UU们~关于细胞死亡，咱们公众号解读了不少文章，目前细胞死亡过程中的一些关键启动子和效应子、信号通路和亚细胞位点等也已经被识别出来。今天，小编来给大家介绍一个细胞死亡相关的综合性数据库——XDeathDB。

XDeathDB涵盖了细胞自噬、焦亡、铁死亡、免疫原性细胞死亡、溶酶体细胞死亡等12种细胞死亡模式，包含了27654个人类基因、149个细胞死亡标志基因、1235个药物靶基因、2213种药物、164个信号通路、1461种癌症类型和COVID-19（表1），通过该平台，我们可以查询基因-疾病、基因-细胞死亡通路、细胞死亡-细胞死亡以及基因-基因之间的关系。

关于数据收集和平台搭建，小编就略过了，咱们重点看看这个数据库的功能。网页很简单，主要就是四个模块：Cell Death Engine、Gene Network、Network Analyses和Cell Death Interaction，我们来看一下~

Cell Death Engine

①：如所示，以凋亡和胃癌为例，用户可以选择特定的细胞死亡模式和疾病，也可以全部选择，然后点击Submit。

②：我们可以选择Key genes annotations来查看关键基因，即有文章证实对细胞死亡过程有明确影响的基因，参考文献、基因的位置、其他相关的死亡模式等信息也都一一列了出来。

③-④：此外，网站还提供了通路的注释信息，数据来源于GO、KEGG和MSigDB等。选定某一通路之后，已验证的通路相关基因的symbol、染色体位置、靶向药物和影响的所有死亡模式也都可以查看。最后，我们可以下载所有的通路信息。

Gene Network

在这一模块，我们可以输入149个细胞死亡hallmark genes中的一个或多个基因，构建它们的互作网络，一个基因对应一种颜色。这些hallmark genes是作者查找文献收集的，它们要么是激活死亡过程的级联反应中的一部分，要么本身就是激活因子。提交基因之后，点击互作网络的边能够查看两个基因之间的互作类型，也可以通过选择特定的互作方式，对网络进行过滤。网络的大小可以调整，基因的位置也能拖拽(就是这个颜色小编觉得略微有那么一些丑)。

Network Analyses

该功能允许我们可视化一个基因在整个子网中的直接互作关系，每种细胞死亡模式都有多个子网，用户可以选择任一模式的任意子网，每个子网络中的基因也都在左下的方框中列了出来。构建之后，会有一个简单的表格，给出了每个子网有关的疾病和通路，网络中的基因也是可以选择的，可以在颜色上突出选定基因的互作对，基因也是可以拖拽的，网络的形状、大小也可以调整，只是颜色就只能默认了。

Cell Death Interaction

子网是生物过程中信息交换的主要方式，不同细胞死亡模式下的子网会反应相应的分子环境，子网之间的互作可以使我们在基因和通路的水平上了解相应信息，对于自己感兴趣的基因，也可以进一步挖掘其相关关系和功能。

目前，也有不少针对细胞死亡搭建的数据平台，如“Apoptoproteomics” 、“Deathbase”、“ApoCanD” 、“Degrabase”、“MEROPS” 、“CASBAH”、“CASPDB” 、“MerCASBA”和 “CaspNeuroD” 等，但是它们都有自己的侧重点，要么是只包含两三种死亡模式，要么就只有相关通路蛋白的信息，相比之下，XDeathDB更综合一些，但是功能上有些简单，主要还是进行各种互作的可视化，总之，各有千秋吧，大家按需选择~最后，小编希望作者可以经常地更新数据，做好数据库的后期维护！好了，今天的分享到这了，have a nice day!

参考文献：

[1] Gadepalli V S ,  Kim H ,  Liu Y , et al. XDeathDB: a visualization platform for cell death molecular interactions[J]. Cell Death & Disease.