9+期刊Oncogene发表的5篇肿瘤研究热点生信类文章速读

期刊选择一直是科研工作者需要关注重要问题之一，纯生信工作发表杂志的选择更是尤为关键。本文为大家梳理了2021年1-8月 Oncogene（IF=9.862）发表的五篇生信类文章，大家可以体会如何在该杂志上发表高质量的生信类文章。

研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer

研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients

研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma

研究四：Comprehensive characterisation of intronic mis-splicing mutations in human cancers

研究五：Nonlinear relationship between chromatin accessibility and estradiol-regulated gene expression

一、期刊介绍

Oncogene旨在通过发表杰出的研究成果，使我们对致癌过程的认识取得实质性进展。接受挑战标准猜想和建立在以前研究基础上的工作，特别是那些导致在癌症病因、诊断、治疗、预防以及驱动肿瘤转移扩散的过程方面建立新范式的工作。Oncogene涵盖的领域包括但不限于，癌症的细胞和分子生物学，包括对癌症治疗的耐药性，以及发展更好的方法来提高生存率。在癌症生物学领域研究范围广泛，包括生命科学和生物医学，从最基础的理论工作，到转化、应用和临床研究，期刊官网请见https://www.nature.com/onc/journal-information。

Oncogene最新影响因子为9.862，每年发50刊（周刊），年刊文量481-653，国人刊文量100-238，从提交到接收的平均时间为194天，纯生信类刊文量较少但质量较高，详细信息推荐刊查查系统。

二、2021生信文章速读

研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer

使用LncRIndiv方法对TCGA乳腺癌数据的lncRNA表达谱构建个体化的差异表达长非编码RNA图谱（IDElncRNA），总共包括3458个lncRNA（1909个下调lncRNA和1549个上调lncRNA），在样本和lncRNA水平分别采取五倍交叉验证的方法，结果精确性都在95%以上。从Fold change的角度分析发现IDElncRNA倾向于是差异表达的lncRNA。此外，统计发现IDElncRNA表达与拷贝数变异（CNV）和DNA甲基化的方向是一致的。

根据乳腺癌的五种亚型，识别亚型特异的IDElncRNA，并且在这五种亚型中识别与蛋白编码基因拷贝数变异、基因突变和差异甲基化等分子变异显著共出现的lncRNA。

对三阴性乳腺癌（TNBC）样本进行更细致的剖析，通过TNBC特异的IDElncRNA进行KEGG富集分析，将TNBC样本分为两个新的亚型，这种分型方式具有明显的生存意义差异。

针对两种TNBC分型刻画基因组不稳定性和免疫细胞浸润的差异。

在经过MDA-MB-231细胞系验证lncRNA PTOV1-AS1促进EMT的基础之上，采用TNBC细胞系的数据分析了细胞系亚型和药物应答之间的关系。

研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients

基于TCGA获取16种癌症类型6904个患者的数据，其中包括880个匹配的癌旁正常组织的样本，分析其中可变剪切类型：Exon Skip (ES), Alternate Donor site (AD), Alternate Acceptor site (AA), Retained Intron (RI), Mutually Exclusive Exons (ME), Alternate Promoter (AP), Alternate Terminator (AT)。功能富集分析解释了这些可变剪切基因的功能，紧接着从可变剪切类型、是否影响下游蛋白质翻译过程两个角度分析癌症类型之间的差异。

对167个编码剪切因子的基因在正常和肿瘤样本之间进行了分析，我们发现在肿瘤样本中很少有剪切因子同时发生剪切和表达变化，有趣的是这些剪切因子在癌症类型当中共同存在并形成了一个紧密的互作网络。剪切因子的异常剪切可触发肿瘤患者的一系列可变剪切变化。

通过比较癌症样本和对应癌旁正常组织的可变剪切数据，研究剪切因子的剪切事件是否影响肿瘤与相邻正常样本之间的选择性剪切变化，发现剪切因子的选择性剪切影响癌症特异性剪切模式。

为了进一步确定普通癌症剪切模式是否与剪切因子的选择性剪切相关，作者通过选择不同癌症类型间与可变剪切因子相关的可变剪切事件进而计算其间的相关性，发现了不同癌症类型之间剪切变化的共同模式。

通过NetMHCpan-4.1推断可变剪切产生的可与HLA结合的新肿瘤抗原表位。

研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma

在口腔鳞癌OSCC人群队列（n=62）中，使用芯片检测常见的突变，总共涉及8507个染色体区域，分别在染色体条带和基因水平统计变异的频率和水平，并通过计算高频变异之间的相关性，挖掘子模块。

过滤掉频率小于35%的区域，选择显著富集到通路的基因，共计49个，保留至少在3个通路当中出现的基因，剩余11个基因：OCLN (3p21.31), CLDN16 (3q29), DLG1 (8p11.21), SCRIB (3q29), IKBKB (3q22.3), RHOA (17p13.3), PAK2 (8q22.3), PIK3CB (3q28), YWHAE (3q28), YWHAZ (8q24.3), and CLDN1 (5q13.2)。

在TCGA数据集中，只有基因PIK3CB对肿瘤患者预后显示出较为明显的生存意义。

在MLPA队列中，结合基因组拷贝数变异的频率筛选出7个基因。（小编觉得做到这里应该继续使用这7个基因设计一个打分去评估患者预后，但是文章到此就结束了。 ）

研究四：Comprehensive characterisation of intronic mis-splicing mutations in human cancers

在1134个泛癌全基因组和转录组以及3022个正常对照样本，使用read ratios和等位基因特异性识别错接突变。在本文中全面分析内含子错义剪切突变，揭示了非编码突变作用于深部内含子中的剪切编码，从而促进肿瘤的发生。

外显子-内含子连接附近错接突变的分布

内含子突变对剪接密码子的改变

肿瘤抑制基因的错剪接突变和预测模型

错误剪切突变在肿瘤发生中的相关性

研究五：Nonlinear relationship between chromatin accessibility and estradiol-regulated gene expression

E2调控MCF-7细胞染色质可及性的变化

染色质可及性与E2调控基因表达的关系

E2改变了被广泛研究的E2调控基因的染色质可及性

根据ATAC-seq，调控区域定义为可访问或关闭的Motif富集分析

整合分析ATAC-seq数据与ERα ChIP-seq数据