1、genewise简介

Genewise软件是大家在基因组项目中经常用到的软件，可能主要用也基因预

测和假基因预测。基因预测以往的文章都提及过，对于假基因预测这部分，也说过，但是总觉得有一些注意的事情没有说清楚，因此在此在写一篇文章跟大家仔细的说一下。

2、命令行和结果

检测假基因

操作命令：genewise  input-protein3.fa input-dna3.fa >output3.genewise.out 

输出结果如下：

3、重要结果和注意事项

其中最为重要的结果部分为：

红色部分最上面的那个G代表是参考蛋白的氨基酸，第三个G代表我们的基因组翻译的氨基酸，其对应的碱基为其下面的连续的三个小g。

当比对的结果里面出现“!”时说明 dna 序列中出现了移码突变，当比对中出现 X 时说明出提前终止。

NOTICE

当然！比对还是很简单的，但是对于X的比对需要注意。以为在基因组中如果

某一个位置没有组装出来，我们用N来代替，而NNN在翻译蛋白的时候，会翻译成X。这里就有问题啦。其实genewise中的X是特指在序列中出现了提前终止，也就是出现了TAG，TAA，TGA等。

因此在书写程序处理这一部分的时候，要特别注意只匹配比对行的X和！。

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