TransmiR v2.0：更新的转录因子-microRNA调节数据库

众所周知miRNA是基因表达的重要转录后调节因子，并且在各种生物过程中起重要作用。

据报道，miRNA的异常调节与各种疾病的发展和进展有关，但潜在的机制尚未完全破译。

想必大家都听说过TransmiR这个数据库，它最近有所更新呦！它的更新版本TransmiR v2.0 包含着转录因子（TF）-miRNA调控的更全面信息。此外，作者构建了一个“预测”模块，用于根据TF的binding motifs查询人体中预测的TF-miRNA调节。作者还提供了一个“网络”模块，可以显示每个TF和miRNA或特定疾病的TF-miRNA调控规则。最后，作者提供了“富集分析”模块来预测可能调节感兴趣的miRNA列表的TF。总之，随着数据覆盖和网络服务器功能的改进，TransmiR v2.0将成为研究miRNA调控的有用资源。

网址：http://www.cuilab.cn/transmir

下面小编就为大家介绍下这个更新的数据库的使用：

我们先来看下数据库的搜索功能，我们可以通过miRNA或者转录因子进行搜索，这里面我们可以选择物种，比如我们以搜索“hsa-mir-200a”这个miRNA为例，物种选择人类：

结果会显示人类中“hsa-mir-200a”对应的所有转录因子，还包含基本信息，比如结合位点，调控类型，链接的PMID号以及组织等等。在页面的最下方我们可以对搜索结果进行下载：

同理，对转录因子进行搜索也是如此。

“网络”模块：我们通过点击主页中的Network进入到网络模块，我们可以选择miRNA,转录因子，或者疾病进行查看，比如我们想看人类has-let-7a的调控关系：

人类AFF1与miRNA的调控关系：

糖尿病中转录因子和miRNA之间的调控关系：

富集分析模块：

我们以数据库自带的miRNA  list为例，设置level：

结果：

此结果还可以下载对应的text文件。

预测功能：比如我们想看下ZEB1对应的miRNA：

统计学功能：

此部分列出了TF-miRNA调控数据的构成

文献中收录的TF-miRNA调控数据在不同物种中的分布：

所有TF-miRNA调控数据在不同物种中的分布：

最后就是下载了，我们可以选择下载不同物种中文献证实或者所有的TF-miRNA 的调控

比如我们下载人类中基于文献收集的TF-miRNA的调控，下载后的结果:

好啦，这个数据库就介绍到这里啦，希望对大家有帮助呦！

Wang J, Lu M, Qiu C, Cui Q. TransmiR: a transcription factor-microRNA regulation database.Nucleic Acids Res., 38 (Database issue):D119-22.

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