TRCirc：circRNA转录调控信息的资源

我们知道circRNAs(Circular RNAs，环形RNA分子)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴，并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。目前，科学家们已经在跨越不同物种的各种细胞系中鉴定了许多环状RNA（circRNA）。然而，circRNA转录的调控机制仍不清楚。因此，迫切需要构建详细描述circRNA转录调控的数据库。因此，作者开发了一个名为'TRCirc'的转录调控数据库，为有效检索，浏览和可视化circRNA的转录调控信息提供了资源。

那么今天小编就为大家介绍这个circRNA与转录因子调控的数据库----- TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs

网址：http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index

数据库描述：目前版本的TRCirc记录了来自100多种细胞类型的92375个circRNA和161个TF，共同描述了超过765 000个推定的TF-circRNA调控关系。此外，TRCirc为circRNAs提供其他调控信息，包括circRNAs调控区域中存在的表达，甲基化水平和H3K27ac信号以及与它们相关的超级增强子。

在使用上，我们可以通过多种方式方便地检索circRNA的调控信息，我们可以选择物种和细胞类型，circRNA的细胞系和调节区，并输入感兴趣的特定circRNA（A）。比如我们以数据库自带的例子为例进行搜索：

我们可以看到，结果包括基本信息，如circRNA名称，调控的转录因子数目，位于circRNA的调节区域中的甲基化水平和H3K27ac信号等。我们通过点击某一个circRNA的名称得到circRNA的全面信息，结果展示了circRNA相关的TF-circRNA调节关系，H3K27ac信号，超增强子，平均甲基化水平和表达数据，以及详细的相关信息。

TRCirc还允许我们搜索和浏览TF或细胞系过滤的TF-circRNA调控关系，circRNA的甲基化状态以及circRNA相关的增强子信息。

通过转录因子进行浏览：

通过细胞系进行浏览：

浏览circRNA的甲基化状态：

结果包含着circRNA的CG sites信息。

浏览circRNA相关的增强子信息：

结果包含着circRNA相关的超级增强子和增强子。

下面我们来看一下数据可视化和JBrowse界面

为了帮助我们了解TF-circRNA调控关系，TRCirc提供了TF-circRNA调控关系和circRNA表达数据的可视化。作者通过嵌入Cytoscape网络工具提供TFs-circRNA相互作用网络，我们可以获得每个可用细胞系中特定circRNA的表达数据。这里我们以数据库自带的例子进行展示：

作者还开发了TRCirc JBrowse，在这里我们可以在基因组环境中可视化circRNA的转录调控信息。我们可以查看与特定circRNA相关的TF结合位点和超级增强子，还可以通过单击页面左侧的选择器来限定搜索的范围。

最后就是数据的下载了，TRCirc允许下载以下数据：TF-circRNA调节关系对，表达，甲基化水平，H3K27ac信号和与特定circRNA相关的超级增强子。我们可以从下载页面执行下载。比如我们下载-2kb/1kb调控区域的各种细胞系中circRNA的转录因子结合位点：

结果包含很多细胞系的信息，我们展示A549这个细胞系中信息：

以上就是TRCirc的使用，它整合来自ENCODE的ChIP-seq，RNA-seq和450K阵列数据以及来自circBase的人类circRNA，它信息丰富，简单易操作，为circRNA的研究提供了第一个全面的转录调控资源！

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