Nature Genetics 1月6号在线发表印度眼镜蛇参考基因组，宣称基因组组装为近染色体水平，同时测了来自14个组织的转录组数据，深入的进行了毒素家族的鉴定和比较，对于蛇毒抗体血清的开发具有和研究物种进化具有非常重要的帮助。

The Indian cobra reference genome and transcriptome enables comprehensive identification of venom toxins

毒蛇咬伤是目前热带较为严重的疾病，每年可以因其致死的有10万之众。高质量的基因组可以更好的综合研究毒液基因，对于重组血清开发非常有用。因此我们组装了一个近染色体的印度眼镜蛇基因组。基因组scaffold N50 223.35Mb，全基因组为95%的序列组装到了19条scaffold. 综合评价其组装水平可以跟人类的GRH38进行比较。基因预测采用的是MARKER流程，同源和转录组（26个样本，14个组织）相结合的方式进行预测。共预测到23248个编码基因，12346个毒腺表达相关的基因，139个来自33个毒素家族的基因。139个基因中19个是VSTs具有特异性表达，可以用来编码核心毒液的最小核心蛋白。通过比较基因组学和转录组结合，确定了最小的毒液基因集。关于本文的详细内容，大家可以下载文献进行学习，小编今天推这篇文章的目的其实很简单。公众号刚开始是以推广基因组文章，技术为主的，因为小编那时候工作就是基因组组装。离开基因组组装行业也有小两年了。小编快离职的时候，Pacbio sequel 系列刚刚投入市场，那时候主推的基因组测序策略是：三代（Pacbio）+光学（bionano）+Hi-C。市场还是有一定困难的，因为价格还是蛮贵的。三代的通量还是问题。一晃，两年过去了，据了解三代的通量早就不是问题了。ONT也投入了市场。现在主流的基因组测序策略：illu+pacbio/ont+hic+光学。但是从眼镜蛇基因组的测序中涉及的技术还很多。不知道这些技术，大家了解多少。涉及到的技术包括：PacBio、ONT、illumina、Chicago、Hi-C、BNG、SChrom-seq。（by the way 手绘图不错）未来这会成为基因组测序的标配吗，欢迎大家投票或留言。

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