基于基因组谈考拉的进化和保护

Adaptation and conservation insights from the

koala genome

2018.7.2

Nature Genetics 7月2日 online 一篇考拉的基因组文章。想必大家都知道考拉的特点，懒。

有一句话说，世界是由懒人推动的，考拉之所以这么懒，还能生存到今天，说明其绝对有超级高效的一些机制。类似这种文章有很多，硬骨鱼的免疫基因缺失，海马patristacin家族扩张等，之前解读过很多，从比较基因组学讲故事的文章。

摘要

考拉是现存袋鼠科的唯一种类，目前属于保护动物。我们得到了一版较为完整的考拉基因组有袋动物参考基因组，包括着丝粒区。

通过这个基因组，发现考拉可以解毒桉树叶的能力（喜欢吃桉树叶）可能是由于细胞色素P450基因家族内的扩展，其嗅觉、味觉和适度摄取植物次生代谢产物的能力可能是由于犁鼻和味觉受体的扩张。我们阐述了新的泌乳蛋白在保护幼年在袋中的作用，同时对面对衣原体疾病是免疫相关的基因进行了注释。最后通过考拉基因组对于考拉等濒危物种的保护，提出了自己的一些建议。

基因组整体概况

该基因组采用二代+三代+光学图谱进行组装，其中三代数据57x,二代30x。基因组有16条染色体，不同于祖先有14条,(2号染色体锻列成为4和7),基因组组装大小3.19Gb,N50为11.6Mb，最长的contig 为40多Mb。

同时利用BUSCO评估基因组完整度,其对于编码区组装还是非常完整的，确定度在95.1%。（哺乳动物通用单拷贝基因集）

部分科学故事

解毒桉树叶

考拉99%的食物是树叶子，他们也更喜欢吃嫩叶子，老叶子只能占30%的食量。毕竟嫩叶子口感好，水，糖，蛋白质也多些。纤维素和木质素比较少。

考拉有的只使用桉树叶，可能是因为太懒，热带雨林也多，竞争较弱，你想想毕竟是考拉嘛，但是桉树叶富含酚类，这个吃多了会中毒的。

通过跟人，狗、老鼠等比较，发现与解毒相关的P450家族显著扩张。

味觉、嗅觉和食物选择

考拉懒得耗费能力在各个地方，在觅食的时候也需要超级高效的机制，让它在最低能耗的情况下找到新鲜多汁的树叶。这里更多的得益于考拉的嗅觉和味觉受体基因的复制。

基于考拉谈濒危物种保护

通过分析基因组与历史事件结合，分析出人的出现导致了其大规模的减少，但是目前还没有完全消失，目前最主要的是要促进考拉跨越物理生殖隔离，促进基因交流，这样才不会灭亡。

5月22日，我在出租车上听到今天是物种多样性节日，目前濒危的物种有很多，也是时候对每一个濒危的物种进行下测序，从测序的角度分析下其濒临灭绝的原因，这也许是非常好的一次尝试。

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