植物小RNA靶基因预测工具介绍

简介

植物内源性非编码短的小RNAs（20-24nt），包括microRNAs（miRNAs）和小干扰RNAs的一个子集（transacting siRNAs，ta-siRNAs，反式作用siRNAs），在基因表达调控网络（Gene expression regulatory networks，GRNs）中起着重要的作用。例如，许多转录因子和发育相关基因已经被报道为这些调控小RNAs的靶。尽管许多miRNA靶预测算法和程序已经被开发，但是它们中的大部分是为动物miRNAs预测设计的，在靶识别过程中与植物miRNAs识别显著不同。这些差异需要单独的植物miRNA（和ta-siRNA）靶分析工具的开发。

原理和软件

psRNATarget，一个植物小RNA靶分析服务器，它以两种重要的分析功能为特色：

（i）使用一个已证实的打分方案进行小RNA和靶转录本间的反向互补匹配。（主要采用的软件是SSEARCH：http://www.biology.wustl.edu/gcg/ssearch.html）

（ii）通过计算围绕着mRNA的小RNA靶位点的“开放”二级结构所需的非配对能（unpaired energy，UPE）对靶-位点可接近性进行评估。（主要采用的软件是RNAup program in Vienna Package：http://rna.tbi.univie.ac.at/）

psRNATarget结合了植物中miRNA靶识别的最新发现，例如它区分了翻译和转录后抑制，并且它报道了可能影响小RNA到靶转录本的结合活性的小RNA/靶位点对的数目。

psRNATarget服务器为下一代数据的高通量分析而设计，具有一个运行在Linux集群上的高效分布式计算后端流程。服务器前端整合了三个简化的用户友好的界面以接受用户提交或预装载小RNA和转录本序列；并输出小RNA/靶位点点对的一个完整列表，连同在线工具进行批量下载，关键词搜索和结果排序。

使用指南

现在是在线分析的，其支持上传RNA测序数据和靶基因数据。（三种选择模式：只上传RNA测序数据、只上传靶基因数据、同时上传RNA和靶基因数据），用户可以根据自己研究定于如下的参数。

这个软件不仅仅可以用于miRNA靶基因预测，也可以用于psRNA靶基因预测。

在线展示结果如下，会提供比对的具体形式。

下载结果如下：

经过实际测序updata的网站上传和分析较慢，建议还是使用旧版本吧。

参考文献

Xinbin Dai, Patrick Xuechun Zhao. psRNATarget: a plant small RNA target analysis server[J]. Nucleic acids research, 2011, 39(Web Server issue):W155.

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