基于六个基因的预后模型预测儿童急性髓性白血病的完全缓解和总体生存A six-gene-based prognostic model predicts complete remission and overall survival in childhood acute myeloid leukemiaOncotargets and therapy16 August 2019abstract

目的

急性髓性白血病（AML）是一种恶性克隆性疾病。本研究通过使用公共数据库中的基因表达谱数据集来识别预后生物标志物，改善AML患者生存风险分层标准。材料和方法：从TARGET数据库获取儿童AML患者表达谱数据：第一次完全缓解（CR1）组（n = 791），没有完全缓解CR组（n = 249）。差异表达分析获得总共856个差异表达基因。接下来进行了一系列生物信息学分析，以筛选关键基因和通路，GO和KEGG富集分析了解这些差异基因。结果：通过单变量、KM生存分析和多变量Cox回归分析找出6个基因（SLC17A7，MSX2，CDC26，MSLN，CTSZ和DEFA3）用于构建预后模型。ROC曲线下面积为0.729，证实为良好的预后模型。

Result1、识别儿童AML差异分子（图A为CR和not CR组差异表达基因热图，图B火山图 543上调基因和313下调基因）

2、差异表达上调（图A）和下调（图B）基因的功能富集分析，通路富集分析（table2）

3、使用差异基因进行PPI网络构建和模块分析：图A为PPI网络，图B为最显著的模块（包括88个上调基因和50个下调基因）4、儿童AML预后基因marker筛选：cox回归分析对最显著子模块对138基因进行OS分析、ROC曲线分析、Kaplan-Meier分析，下图为得到对12个儿童AML预后相关基因。 

5、风险得分模型构建和ROC曲线分析：对12个AML预后相关基因进行多元cox回归分析（table4）得到6个基因构建风险预后模型，风险得分公式如下。（图A：高低风险组KM生存曲线；图B：通过风险得分预测整体生存的ROC曲线；图Cf风险得分分布、基因表达热图、生存状态）

列线图预测儿童AML患者1、3、5年的生存率

儿童AML按照FAB分类体系的不同分型样本中6个基因的表达水平（M3样本缺失） 

纳入WHO风险分层评估预测模型

 

欢迎关注

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 |   基因家族  |  Pvalue

基因预测  |bestorf |  sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

 生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos

 舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 |  进化 | 测序简史