1.tRNAscan-SE 简介

tRNAscan-SE能在基因组水平上进行tRNA扫描。该软件实际上是一个perl 脚本，整合了tRNAscan、EufindRNA 和Cove这3个独立的tRNA检测软件。tRNAscan-SE 首先调用 tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中 tRNA区域，然后调用Cove进行验证。这样既保证了前者的sensitivities， 又保证了后者较低的假阳性概率，同时在搜索速度上提升了很多。

介绍一下tRNAscan-SE 的网页版：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

导航收录地址：http://gps.shengxin.ren/

2.软件使用操作指南

网页工具整体界面如下（有点丑)

首先是输入格式，输入格式支持fa，genbank等格式，也支持单纯的一条序列，输入支持两种形式，一种是直接的粘贴序列，另外的就是点击选择文件，然后提交。

输出结果展示有两种情况，种就是再浏览器显示，另外一种是你写一个邮箱地址，他把结果给你发邮箱。

还有一些选项是来选择你要做什么的。

比如Disable pseudo gene checking，Show origin offirst-pass hits， Display results in ACeDB format等等。个人认为比较重要的是哪个密码子表格，如果是真核生物就选择Universal，如果是其他的，自行选择对应的。

还有一些其他的参数，小遍在日常生信分析中也没有遇到，暂时就不提啦。大家自行开发吧。

欢迎关注

欢迎直接访问导航