一站式GEO数据分析平台easyGEO

    目前对于GEO等生物数据的挖掘会产生十分有价值的信息或成果，GEO2R等在线分析工具对于缺少编程经验的人来说显得尤为重要。目前针对于GEO数据挖掘的生信在线分析工具以检索、数据可视化、差异表达分析为主，难以满足日益增长的生信分析需求，比如生物网络分析、模块挖掘、生存预后分析等。

    为了助力GEO数据分析、服务于广大客户，全力打造了一站式GEO数据分析平台easyGEO，集数据预处理及标准化、差异表达分析及火山图可视化、蛋白质互作网络构建及可视化、Hub基因识别及子网络挖掘、生存分析（Kaplan-Meier⽣存曲线图）等分析模块于一体。用户可以在超过25000套GEO数据集中进行自由探索，用别人的数据、别人的代码、别人的服务器，建自己的idea、发自己的paper。接下来我们依次介绍每个模块的功能：模块一数据检索，模块二数据预处理，模块三差异表达分析，模块四核心基因挖掘，模块五网站导航，模块六工具宝典。

模块一：数据检索

easyGEO网站主页展示了最新收录的数据条目，方便用户浏览和查询数据，用户也可以点击查看更多进行高级检索筛选。

高级检索页面可以依据疾病名称、样本数、发布时间、是否有生存数据进行检索，选择合适的数据进行探索。

模块二：数据预处理

用户选择合适的数据之后，网站提供了全面的信息展示，并且可以链接到原GEO库中，点击数据预处理进行初步处理。

这里将相同基因的不用探针按照中位数进行整合。

点击开始预处理进行操作，自动跳转到任务界面并记录运行信息。如果重复运行了相同一套数据，网站也会自动编号从而保证不同参数的结果存在。结束之后点击查看结果进行下一步操作。

预处理的分析报告如下，可以下载整个表达谱及样本信息。

模块三：差异表达分析

进行差异表达分析有两个入口，个是在任务中心页面，选择合适的数据集之后确定分析方法。

选择差异表达分析，点击下一步。

第二种进行差异表达分析的入口在网站的菜单导航栏数据分析入口。

点击快速新建，从而选择样本的分组信息

在弹出的窗口中选择样本分组类型，这里以器官为例。

选中所有样本，点击下一步。

这里是差异表达的默认参数，可以修改，或直接生成报告。

差异表达分析的结果如下，在任务中心页面也可以找到，提供了基因、log2FC、p值和校正p值，并且提供了火山图。

模块四：核心基因挖掘

类似于差异表达基因分析，进行核心基因分析。

选择分组，同上。

点击设置生存时间参数及事件。

实例设置如下，点击生成报告。

核心基因分析的结果相当丰富，首先是差异表达分析的结果，这里不再赘述。

第二个结果，从差异表达基因中构建了蛋白质互作网络，并且提供了网络图。

第三个结果是在蛋白质互作网络中基于网络测度识别hub基因，这样再也不愁找不到靶点了。

第四部分结果是在hub基因的基础之上，进行生存分析，KM曲线说明了hub基因表达水平对样本生存预后情况的影响。

KM曲线如下图。

模块五：网站导航

模块六：工具宝典

该网站有一系列兄弟网站，蕴含着丰富的工具与信息，值得大家去探索，包括文献检索下载、期刊查询、科研绘图等。