给大家分享一个批量下载fastq和SRA文件的在线工具:SRA Explorer。
它的网址是:https://ewels.github.io/sra-explorer/
举个例子,我们选择example中的第一个(GEO系列的ID为GSE30567)作为输入(下图)
会出现结果列表,共计11个SRR数据集(dataset):
在左侧方框内勾选需要下载的数据集(这里我们全选):
在屏幕右上方的蓝色按钮,可以看到11个数据集都被挑中
点进去这个蓝色按钮,我们想要的结果就全部呈现出来了,如下图所示:
如果感兴趣fastq文件,可以单击Raw FastQ Download URLs,会出现以下界面:
如果你希望下载原始SRA文件,下面一点的位置可以找到它们的地址:
不过,这里提醒大家,如果当一个SRX包括超过一个的run(测序结果集)的时候(多个SRR),那么SRA Explorer可能不会返回结果。我们用来自SRP059724的一份拟南芥RNA-seq的数据集进行测试。对于只有一个run的SRX1067571,SRA Explorer没有问题。而对于有两个run的SRX1067547(如下图),则无法得到我们想要的结果。
在享受便利的同时,希望大家不要忘了向SRA-Explorer的作者,来自自瑞典斯德哥尔摩大学的Philip Ewels表示致谢。原代码可以在github上获取:
https://github.com/ewels/sra-explorer
更多生信分析套路,请加微信13621202201
TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 | 基因家族 | Pvalue
基因预测 |bestorf | sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图
生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos
舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 | 进化 | 测序简史