与结肠癌预后相关的lncRNA，miRNA和mRNA形成

竞争内源性RNA网络

今天小编跟大家分享一个19年7月17号发表（Provisional）的ceRNA的文章。

这个文章做的也是ceRNA分析，不过它不同的地方在于不是类似其他的ceRNA套路（附推），通过筛选差异的mRNA、miRNA、lncRNA，然后构建网络，然后各种降维做预后分析，最后落脚点在lncRNA上。

这个文献筛选完差异之后，分别对mRNA、miRNA、lncRNA做预后分析，分别筛选跟结肠癌预后相关的mRNA、miRNA、lncRNA，然后再构建ceRNA网络。这个ceRNA网络就真的完完全全是跟预后相关的ceRNA网络了。用作者的原话说就是构建了一个多组学的风险评估模型。

This study identified several potential prognostic biomarkers to construct  a multi-RNA-based prognostic model for colon cancer.

技术路线

1 数据评估和获取

评估标准：

（1）样本有完整的性别、年龄、肿瘤状态和分期、组织学类型

（2）样本有完整的lncRNA-seq, mRNA-seq and miRNA-seq

（3）随访时间>30d

结果：case: 473  control: 41

2 差异表达RNA筛选

使用R包：edgeR 筛选差异lncRNA, mRNA and miRNA

3 单因素生存分析找出与预后相关的RNA

4生存相关mRNA基因构建PPI互作网络、功能富集分析

5建立生存风险评分模型

用预后相关的lncRNA, mRNA and miRNA做cox多元回归分析 

6:构ceRNA网络

关于这个有点"出奇"的ceRNA网络构建，你有什么想法，欢迎留言讨论。

更多生信分析套路，请加微信13621202201

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 |   基因家族  |  Pvalue

基因预测  |bestorf |  sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

 生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos

 舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 |  进化 | 测序简史