McscanX是进行基因水平共线性分析的较为常用的软件，使用此软件可以得到共线性区块（block），利用得到的文件可以进行共线性作图。

一．输入文件

１．Blast文件。BLAST为你要分析物种基因的蛋白质文件或者CDS文件与参考物种的蛋白质或者CDS文件的BLAST比对结果文件，格式一般为采用BLAST的m8或者BLAST+的 -outfmt 6格式。此处以BLAST+为例阐述．

１）blast建库：

$ makeblastdb -in refpep.fa -dbtype prot -out refpep.db

２）blast比对：

$ blastp -query yourpep.fa -db refpep.db -out all.blast -evalue 1e-10 -num_threads 4 -outfmt 6 -num_alignments 5

  -evalue 1e-10

 -num_alignments 5是取最好的5个比对结果，

 -outfmt 6是输出格式为tab分隔的比对结果。

3)示例结果如下：

2．Gff文件。Gff文件为上述用于BLAST的基因在染色体上的位置信息文件，包括你要分析物种的和参考的基因在染色体上的位置信息。具体格式为：

其中sp#：sp代表物种名字,#代表相应的染色体或者scaffold名字；其中加入sp目的是主要为了区分参考物种序列名字和你要分析物种序列名字．

你要分析物种的和参考的信息最终应合并到一个文件中。我们可以将文件命名为all.gff。

３．注意事项．

１）blast和gff文件命名规则为*.gff和.blast，即后缀名不变，前缀名字必须一致！

２）blast和gff文件里面的基因ID必须名字必须一致！

二．运行命令

参数介绍

主要参数介绍：

-s：要求一个共线性区块应具有的最少基因数目

-m:一个block中允许的最大空位数目

    　-a为选择物种间的共线性还是物种内部共线性

　２.运行命令

　　$MCScanX/MCScanX all

三．结果介绍

生成一个文本文件和网页格式文件。

1. 文本文件给出了每一个Block由那些基因组成，大伙直接查看或者处理这些数据做Circos图。

2. 网页格式文件，可能更加直观，可以清楚的看到每个block内基因的对应关系。并且能看到具体的某个基因参与共线性block的个数

四．共线性图绘制

可以画四种图如下：

 (A) dual synteny plot, (B) circle plot, (C) dot plot and (D) bar plot

１.dual_synteny_plotter.java

$ java dot_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file

其中control文件格式如下：

2. circle_plotter.java画圆圈图

$ java circle_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file

其中control文件格式如下：

3.  dot_plotter.java画dotplot图

$ java dot_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file

其中control文件格式如下：

4. bar_plotter.java画柱状图

$ java bar_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file其中control文件格式如下：

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